针对“别人用了你的食品配方却不承认，且对配方中的关键大料进行了修改”这一情况，你可以通过收集证据、协商、投诉举报、提起诉讼等途径来维护自身权益。以下从不同角度为你详细分析：

证据收集

1. 配方原始记录：保留好最初研发食品配方时的所有记录，包括但不限于手写的配方笔记、电子文档、实验数据、研发过程中的照片或视频等。这些资料能够证明你是配方的原始创作者，以及配方最初的具体内容。
2. 配方使用痕迹：收集能够证明你曾经使用过该配方的证据，比如生产记录、销售记录、产品包装等。如果配方已经投入生产并销售，这些记录可以证明该配方具有一定的商业价值，并且你一直在使用它。
3. 证人证言：寻找了解配方研发过程或使用情况的人作为证人，如研发团队的成员、合作伙伴、供应商等。他们的证言可以为你证明配方的归属提供有力支持。
4. 对方修改配方的证据：收集对方使用修改后配方的相关证据，如对方生产的产品样本、宣传资料、销售记录等。通过专业的检测机构对对方产品进行分析，确定其配方与你原始配方的相似度以及关键大料的修改情况。

协商解决

在收集到一定证据后，你可以尝试与对方进行协商。向对方出示你收集到的证据，明确指出对方使用了你的配方并进行修改的行为侵犯了你的权益，要求对方停止侵权行为，并给予相应的赔偿。协商过程中，要保持冷静和理性，以解决问题为目的，避免情绪化的争吵。

投诉举报

1. 向市场监管部门投诉：如果对方的行为涉嫌违反市场监管相关法律法规，如不正当竞争、虚假宣传等，你可以向当地的市场监管部门进行投诉举报。市场监管部门有权对违法行为进行调查和处理，维护市场秩序。
2. 向行业协会投诉：如果你们所在的行业有相关的行业协会，你也可以向协会反映情况。行业协会可以发挥自律作用，对会员的违规行为进行调查和处理，促进行业的健康发展。

提起诉讼

如果协商和投诉举报都无法解决问题，你可以考虑向法院提起诉讼。在诉讼过程中，你需要向法院提交充分的证据，证明对方侵犯了你的配方权益。法院会根据证据和法律规定进行审理，并作出公正的判决。如果判决对方侵权成立，对方可能需要承担停止侵权、赔偿损失等法律责任。

在处理此类问题时，如果你觉得自行处理有困难，可以直接向我咨询，我会为你提供更具体的法律建议和帮助。