公司制度规定年底发放当年离职员工工资，这一做法是否合法需分情况讨论：
若离职员工与公司就工资发放时间有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：“用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。” 若双方劳动合同或离职协议中明确约定了工资发放时间为年底，且这一约定是双方真实意思的表示，没有违反法律法规的强制性规定（如最低工资标准、工资支付周期等），则公司按照约定年底发放工资是合法的。
若离职员工与公司未就工资发放时间有明确约定，或约定违反法律法规的强制性规定：
- 根据《工资支付暂行规定》第九条：“劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。” 在没有明确约定的情况下，公司应在离职时一次性付清员工工资。若公司制度规定年底发放，则可能违反了这一规定，员工有权要求公司立即支付工资。
- 此外，如果公司制度中的这一规定违反了法律法规的强制性规定（如未按时支付工资导致员工生活困难等），则该规定无效，公司仍需按照法律法规的规定及时支付工资。
法律建议：
- 对于离职员工而言，首先应查看与公司签订的劳动合同或离职协议中是否有关于工资发放时间的明确约定。若有约定且合法，则需按照约定执行；若无约定或约定违法，则有权要求公司立即支付工资。
- 对于公司而言，应确保公司制度中的工资发放规定符合法律法规的强制性规定，避免因此引发劳动纠纷。同时，在与员工签订劳动合同时，应明确约定工资发放时间等关键条款，以减少不必要的争议。
可能法律后果：
- 若公司违反法律法规或劳动合同约定未按时支付工资，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司支付工资及可能的经济补偿金。
- 在极端情况下，若公司长期拖欠工资且情节严重，还可能面临行政处罚或刑事责任。
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