结论：公司股权转让后，旧单位要求员工写离职申请后才能入职新公司，这一要求是否合法需分情况讨论，不能一概而论。
分析：
从劳动合同法的角度：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的变更、解除或终止应当遵循法定程序和条件。员工与旧单位之间的劳动合同关系，不会因为公司股权的转让而自动解除或变更，除非双方协商一致或存在法定解除情形。
- 如果旧单位仅因股权转让就单方面要求员工写离职申请，这可能构成违法解除劳动合同，员工有权拒绝并可以要求旧单位继续履行劳动合同或支付经济补偿。
从股权转让与员工关系的影响角度：
- 股权转让是公司股东之间的法律行为，它主要影响的是公司的股权结构和治理结构，而不直接涉及员工与公司的劳动关系。
- 除非股权转让协议中明确约定了员工劳动关系的处理方式，并且这种约定不违反法律法规的强制性规定，否则旧单位无权仅因股权转让就要求员工离职。
从员工权益保护的角度：
- 员工在面对旧单位的不合理要求时，应当保持冷静，了解自己的权益和法律法规的规定。
- 如果员工认为旧单位的要求违法或不合理，可以与旧单位进行协商，寻求妥善解决方案。如果协商无果，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
建议：
对于员工：
- 在面对旧单位的要求时，先了解自己的劳动合同和法律法规的规定，明确自己的权益。
- 如果认为旧单位的要求违法或不合理，可以与旧单位进行沟通协商，表达自己的立场和诉求。
- 如果协商无果，及时寻求法律援助或向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁。
对于旧单位：
- 在进行股权转让时，应当充分考虑员工劳动关系的处理方式，避免因此引发劳动争议。
- 如果确实需要员工离职，应当与员工协商一致，并按照法律法规的规定支付经济补偿。
- 避免单方面要求员工离职，以免构成违法解除劳动合同，承担法律责任。
可能后果：
- 如果旧单位违法解除劳动合同，员工有权要求旧单位继续履行劳动合同或支付经济补偿。经济补偿的计算标准通常按照员工在本单位工作的年限和月工资来确定。
- 如果员工因此遭受了其他损失（如精神损害、求职费用等），也可以要求旧单位进行赔偿。
总之，公司股权转让后，旧单位要求员工写离职申请后才能入职新公司，这一要求是否合法需根据具体情况来判断。员工在面对这种情况时，应当了解自己的权益和法律法规的规定，并采取适当的措施来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。