结论：企业“未批先建”且主体工程已投入使用的情况下，通常不能仅处罚“未批先建”而不处罚“未验先投”，两者均可能面临法律处罚。
一、法律层面的要求与处罚
“未批先建”的处罚：
- 根据《中华人民共和国环境影响评价法》及《建设项目环境保护管理条例》等相关法律法规，建设项目必须在完成环境影响评价等审批手续后才能开工建设。“未批先建”属于明确的违法行为，通常会面临责令停止建设、恢复原状以及罚款等一系列处罚。
“未验先投”的处罚：
- “未验先投”指的是建设项目在未完成环保设施竣工验收的情况下，擅自投入生产或使用。这一行为同样违反了相关法律法规，可能会面临责令停止生产或使用、罚款等处罚。环保设施竣工验收是确保建设项目符合环保要求的重要环节，未经验收擅自投入使用，可能对环境造成不良影响。
二、两者处罚的关联性
- “未批先建”和“未验先投”是两个独立的违法行为，但它们之间存在关联性。一个项目如果“未批先建”，那么它很可能也未经环保设施竣工验收就擅自投入使用，即“未验先投”。因此，在实际执法过程中，环保部门通常会对这两个违法行为同时进行调查和处罚。
三、实际操作建议
立即停止违法行为：
- 如果企业存在“未批先建”和“未验先投”的行为，应立即停止生产或使用，避免进一步违法。
积极整改并补办手续：
- 企业应尽快补办环境影响评价审批手续，并按照要求进行环保设施的建设和竣工验收。在整改过程中，应积极配合环保部门的调查和检查，确保整改措施得到有效落实。
接受处罚并承担责任：
- 如果企业因“未批先建”和“未验先投”行为受到处罚，应接受处罚并承担相应的法律责任。同时，企业应从中吸取教训，加强内部管理，确保今后不再发生类似违法行为。
四、可能的法律后果
- 如果企业拒不停止违法行为或拒不接受处罚，环保部门有权采取更严厉的措施，如查封、扣押等。此外，企业还可能面临更严重的法律后果，如被吊销营业执照、被追究刑事责任等。
作为马彩律师，我建议企业在进行任何建设项目之前，务必依法进行环境影响评价并获得相关部门的批准。同时，对于已存在的违法行为，企业应尽快采取措施进行整改，并积极与环保部门沟通，争取在完成整改后尽快进入正常的生产或使用流程。如果您有任何关于婚姻家庭或合同纠纷领域的法律问题，也可以直接向我咨询。