公司规定加班后3到5个月调休，且不调休申请视为自动放弃，这样的规定是违法的。以下从几个角度详细分析：

1. 法律对加班调休的规定：

   • 根据《劳动法》的相关规定，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
   • 对于加班后的调休，法律并未明确规定具体的调休时间，但强调了应当保障劳动者的休息权。公司规定加班后3到5个月才调休，且设定了“不调休申请视为自动放弃”的条款，这实际上是在变相剥夺劳动者的休息权，因为劳动者可能因工作繁忙或其他原因无法在规定时间内提出调休申请，从而失去调休的机会。

2. 公司规定的合法性分析：

   • 公司内部的规章制度应当符合法律法规的规定，不得侵犯劳动者的合法权益。公司规定的“加班后3到5个月调休，不调休申请视为自动放弃”显然与《劳动法》保障劳动者休息权的原则相悖，因此该规定是违法的。
   • 此外，即使公司想要设定调休期限，也应当与劳动者进行充分协商，并确保调休期限合理、可行，且不会侵犯劳动者的休息权。

3. 劳动者的权益保护：

   • 劳动者有权拒绝公司的违法规定，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
   • 如果公司因劳动者拒绝违法规定而对其进行处罚或解雇，劳动者还可以进一步主张公司的违法行为，并要求公司承担相应的法律责任。

4. 建议与措施：

   • 对于公司而言，应当尽快修改其内部的规章制度，确保符合法律法规的规定，并保障劳动者的合法权益。
   • 对于劳动者而言，如果遇到公司违法规定的情况，应当及时与公司沟通协商，如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

总结来说，公司规定加班后3到5个月调休，且不调休申请视为自动放弃，这样的规定是违法的。劳动者有权拒绝并维护自己的合法权益，公司也应当尽快修改其规章制度以符合法律法规的要求。如果你有任何进一步的疑问或需要法律帮助，请随时向我咨询。