结论：加班调休三个月失效是否违法，需结合具体情况判断，但若用人单位未与劳动者协商一致，单方面规定调休三个月后失效，可能涉嫌违法。以下从不同角度详细分析：

1. 法律对加班调休的基本规定

根据《劳动法》第四十四条，用人单位安排劳动者加班的，应支付加班费或安排补休（调休）。若选择调休，需与劳动者协商一致，并明确调休时间。法律未规定调休的具体期限，但要求调休安排应合理，不得损害劳动者权益。

2. 调休期限的合理性判断

• 若用人单位与劳动者协商一致：双方可约定调休期限（如三个月内完成）。此时，调休三个月后失效属于双方合意，不违法。
• 若用人单位单方面规定：未与劳动者协商，直接规定“调休三个月后失效”，可能违反《劳动合同法》第三十五条（变更劳动合同需协商一致）。此时，劳动者有权拒绝，并要求用人单位支付加班费或重新安排调休。

3. 地方性规定或行业惯例的影响

部分地区可能出台细则，对调休期限作出补充规定（如“调休应在加班后一个月内完成”）。若用人单位所在地区有此类规定，而其规定“三个月失效”超出地方标准，则可能违法。此外，行业惯例（如建筑行业因工期紧张允许较长调休期）也可能影响合理性判断，但需以不损害劳动者权益为前提。

4. 劳动者权益保护建议

• 保留证据：若用人单位单方面规定调休期限，劳动者应保存加班记录、调休通知等证据。
• 协商或投诉：先与用人单位协商，要求合理调休或支付加班费；协商不成，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 主张权利：若因调休期限问题导致权益受损（如未调休也未支付加班费），劳动者可要求用人单位赔偿损失。

5. 用人单位合规建议

• 明确约定：在劳动合同或规章制度中，与劳动者协商一致后明确调休期限，避免单方面规定。
• 灵活安排：根据生产需要和劳动者意愿，灵活调整调休时间，确保合规且人性化。
• 及时沟通：若因客观原因需延长调休期限，应提前与劳动者沟通并取得同意。

总结：加班调休三个月失效是否违法，关键在于是否与劳动者协商一致。若用人单位单方面规定，可能涉嫌违法；若双方合意，则合法。劳动者和用人单位均应遵守法律规定，通过协商解决争议。如有疑问，可直接向我咨询具体法律问题。