结论：员工年终奖抵公司房款这一行为本身并不直接涉及违法性判断，关键在于该行为是否基于双方自愿且符合相关法律法规的规定；而年终奖申报个税则是法律规定的义务，必须履行。以下是对这两个问题的详细分析：
一、年终奖抵公司房款
自愿性原则：
- 如果员工与公司之间就年终奖抵房款达成了自愿的协议，且该协议不违反法律法规的强制性规定，那么这种行为是合法的。自愿性原则是民事法律行为的基本原则之一，只要双方意思表示真实，且不损害国家、集体或第三人的利益，该行为即具有法律效力。
合同内容合法性：
- 协议内容必须合法，不能包含任何违法或违反公序良俗的条款。例如，协议不能规定员工必须放弃某些法定权利，或者公司可以随意变更房款金额等。
税务处理：
- 即使年终奖被用于抵房款，员工仍然需要就年终奖部分申报并缴纳个人所得税。因为年终奖属于员工的劳动所得，无论其最终用途如何，都应当依法纳税。
潜在风险：
- 如果公司未经员工同意，擅自将年终奖用于抵房款，或者协议中存在不公平、不合理的条款，员工有权拒绝并寻求法律救济。此外，如果公司因此行为导致员工利益受损，员工还可以要求公司承担相应的赔偿责任。
二、年终奖申报个税
法律义务：
- 根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，员工取得的年终奖属于工资薪金所得的一部分，应当依法申报并缴纳个人所得税。这是员工的法律义务，也是公司作为扣缴义务人的责任。
申报流程：
- 公司通常会在发放年终奖时，按照税法规定代扣代缴员工的个人所得税。员工也可以在年度汇算清缴时，自行申报并调整应纳税额。
违法后果：
- 如果员工或公司未依法申报并缴纳个人所得税，将面临税务机关的处罚，包括但不限于罚款、滞纳金等。在严重情况下，还可能构成偷税漏税等违法行为，承担刑事责任。
建议：
- 对于员工而言，在签订年终奖抵房款协议前，应仔细阅读协议条款，确保自己的权益得到充分保障。同时，也要了解并履行自己的纳税义务，避免因税务问题而引发不必要的法律风险。
- 对于公司而言，在制定年终奖抵房款政策时，应确保政策的合法性和公平性，避免侵犯员工的合法权益。同时，也要加强税务管理，确保依法申报并缴纳员工的个人所得税。
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