结论：单位扣除两天工资是否合理，需根据具体情况判断，包括员工离职原因、单位规章制度以及双方劳动合同的约定等。以下从不同角度进行分析：
一、若员工因个人原因主动离职，且未提前通知单位
法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工离职应当提前通知单位，以便单位有足够的时间进行工作交接和人员调整。若员工未提前通知而擅自离职，给单位造成损失的，单位有权要求员工赔偿。
工资扣除：
- 在此情况下，如果单位能够证明因员工未提前通知离职而遭受了实际损失（如因员工突然离职导致的工作延误、客户流失等），并且该损失与扣除的两天工资相当或更低，那么单位扣除两天工资作为赔偿可能是合理的。
- 但如果单位无法证明实际损失，或者扣除的工资超过了实际损失，那么这种扣除可能就不合理，甚至可能构成违法克扣工资。
二、若员工因单位原因离职（如单位未按时支付工资、未提供劳动条件等）
法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，如果单位存在违法行为（如未按时支付工资、未提供劳动条件等），员工有权解除劳动合同，并且单位应当支付员工应得的工资和可能的经济补偿。
工资扣除：
- 在此情况下，单位无权扣除员工的工资作为惩罚或赔偿。如果单位扣除了员工的工资，员工有权要求单位全额支付，并可能向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
三、若双方劳动合同或单位规章制度中有明确约定
合同或制度约定：
- 如果双方劳动合同或单位规章制度中明确规定了员工在特定情况下离职时单位可以扣除的工资数额或比例，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么单位按照约定扣除工资可能是合理的。
合法性审查：
- 但即使合同或制度中有这样的约定，也需要审查其合法性。如果约定违反了法律法规的强制性规定（如最低工资标准、工资支付周期等），那么该约定就是无效的，单位不能据此扣除工资。
四、建议与行动
与单位沟通：
- 首先，建议员工与单位进行沟通，了解扣除工资的具体原因和依据，并尝试协商解决。
收集证据：
- 如果沟通无果，员工可以收集相关证据（如劳动合同、工资条、离职通知等），以证明自己的权益受到侵害。
申请劳动仲裁或投诉：
- 员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求单位支付被扣除的工资，并可能获得经济补偿。
总结：单位扣除两天工资是否合理，需根据具体情况判断。如果员工对单位的扣除行为有异议，建议先与单位沟通协商；如果协商无果，可以收集证据并申请劳动仲裁或投诉。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。