公司不能直接在制度中随意规定加班费的金额。以下从几个角度详细分析这一问题：

1. 法律规定层面：

   • 根据《劳动法》及相关规定，加班费是劳动者因加班而应获得的额外报酬，其计算方式和标准通常由法律明确规定。例如，工作日加班通常按照不低于工资的百分之一百五十支付加班费，休息日加班且不能安排补休的，按照不低于工资的百分之二百支付加班费，法定节假日加班则按照不低于工资的百分之三百支付加班费。
   • 公司制度中的加班费规定不能低于这些法定标准，否则将违反法律规定，可能面临法律制裁。

2. 公司制度与法律的关系：

   • 公司制度是公司内部的管理规范，但它必须遵守国家法律法规。如果公司制度中的加班费规定与法律相悖，那么该规定将是无效的，不能作为处理劳动纠纷的依据。
   • 劳动者有权拒绝执行违反法律规定的公司制度，并可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

3. 实际操作中的建议：

   • 公司应确保其制度中的加班费规定符合法律规定，避免因此引发劳动纠纷。如果公司希望调整加班费政策，应先了解相关法律法规，确保新政策合法合规。
   • 在制定或修改公司制度时，建议公司咨询专业律师或法律顾问，以确保制度的合法性和有效性。
   • 劳动者在面对公司制度中的加班费规定时，也应了解自己的权益和法律规定，必要时可以寻求法律援助或咨询专业律师。

4. 可能的法律后果：

   • 如果公司制度中的加班费规定违反法律规定，劳动者有权要求公司按照法定标准支付加班费。
   • 公司可能因违反法律规定而面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。
   • 在极端情况下，如果公司长期违反法律规定且拒不改正，可能面临更严重的法律后果，如被吊销营业执照等。

综上所述，公司不能直接在制度中随意规定加班费的金额，而应确保其规定符合法律规定。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。