企业的内控制度一般不可以随意约定加班工资的基数，但具体能否约定以及如何约定，需结合相关法律法规及地方性规定来综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

一、法律法规层面

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：

1. 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
2. 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
3. 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

这里的“工资”通常指的是劳动者正常工作时间的工资，即基本工资，而不包括加班工资、奖金、津贴等。关于加班工资的基数，法律法规并未明确规定必须按照基本工资来计算，但也没有明确允许企业可以随意约定。不过，从保护劳动者权益的角度出发，加班工资的基数通常应理解为劳动者正常工作时间的工资，且不应低于当地最低工资标准。

二、地方性规定层面

不同地区对于加班工资基数的计算可能有更为详细的规定。例如，有些地方可能明确规定加班工资的基数应按照劳动者上一个月提供正常劳动所得实际工资扣除该月加班工资后的数额确定；或者规定加班工资的基数应按照劳动合同约定的劳动者本人工资标准确定。如果地方性规定对加班工资基数有明确规定，那么企业应遵循这些规定，而不能仅通过内控制度来随意约定。

三、企业内控制度层面

企业的内控制度是企业内部管理的重要工具，但它不能违反法律法规和地方性规定。如果企业试图通过内控制度来约定一个低于法律法规或地方性规定标准的加班工资基数，那么这种约定是无效的。劳动者有权要求企业按照法律法规或地方性规定的标准支付加班工资。

四、实际操作建议

1. 企业应遵守法律法规和地方性规定：在制定内控制度时，企业应确保关于加班工资基数的约定符合法律法规和地方性规定的要求。
2. 与劳动者协商一致：如果企业希望与劳动者就加班工资基数进行特别约定，那么这种约定应通过劳动合同或集体合同等形式与劳动者协商一致，并确保约定内容合法、合理。
3. 及时调整内控制度：随着法律法规和地方性规定的不断更新和完善，企业应及时调整内控制度，以确保其符合最新的法律要求。

如果企业在加班工资基数方面存在疑问或争议，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更准确的法律意见。