结论：在乡镇政府发证他人占地盖房，对行政复议不服并先提起行政诉讼后，若该行政诉讼未涵盖所有争议点或存在与民事权益相关的独立争议，你仍然可以提起民事诉讼。

分析说明：

1. 行政诉讼与民事诉讼的独立性：

   • 行政诉讼主要解决的是行政行为的合法性问题，即审查乡镇政府发证行为是否合法。
   • 民事诉讼则主要解决的是平等主体之间的民事权益纠纷，如土地使用权、房屋所有权等。
   • 两者在诉讼目的、诉讼主体、诉讼程序等方面均存在显著差异，因此具有独立性。

2. 行政诉讼后的民事诉讼可能性：

   • 如果你对乡镇政府的发证行为提起行政诉讼，并获得了判决，但这并不意味着所有与占地盖房相关的争议都得到了解决。
   • 如果行政诉讼仅解决了发证行为的合法性，而未涉及土地使用权、房屋所有权等民事权益的归属问题，你仍然可以就这些民事权益问题提起民事诉讼。
   • 另外，如果行政诉讼中因证据不足或其他原因未能完全查明事实，而你在民事诉讼中能够提供新的证据或事实来支持你的主张，民事诉讼也是可行的。

3. 实际操作中的注意事项：

   • 在提起民事诉讼前，你需要仔细分析行政诉讼的判决结果，确定哪些争议点已经得到解决，哪些争议点仍然存在。
   • 你需要收集并整理与民事权益相关的证据，如土地使用权证、房屋买卖合同、付款凭证等，以支持你的民事诉讼主张。
   • 你还需要注意民事诉讼的诉讼时效问题，确保在法定的诉讼时效期间内提起诉讼。

行动建议：

• 如果你对乡镇政府的发证行为提起行政诉讼后，仍然存在与民事权益相关的争议，建议咨询专业律师（即我本人，梁俊景律师，专注于婚姻家庭、合同纠纷、行政纠纷、刑事辩护、经济纠纷、劳动纠纷领域），以评估提起民事诉讼的可行性和风险。
• 在提起民事诉讼前，务必收集并整理好相关证据，以确保诉讼的顺利进行。
• 如果你对民事诉讼程序不熟悉或存在疑虑，也可以直接向我咨询，我将为你提供全面的法律支持和帮助。