结论前置：违章建筑侵犯土地使用权时，可以提起民事诉讼，但需根据具体情况选择合适的法律途径和诉讼策略。以下从多个角度为您详细分析：

一、法律基础与诉讼类型

1. 物权保护角度
   根据《民法典》第二百三十六条（原《物权法》第三十五条），土地使用权人享有排除妨害、消除危险的请求权。若违章建筑直接占用您的土地（如越界搭建、侵占空地），您可主张物权保护纠纷，要求拆除建筑、恢复原状并赔偿损失。
   示例：邻居在您宅基地范围内搭建围墙，您可起诉要求拆除围墙并赔偿土地占用期间的损失。

2. 侵权责任角度
   若违章建筑虽未直接占用土地，但通过遮挡采光、排放污水等方式损害您的土地使用权益（如影响商铺经营、降低住宅价值），可依据《民法典》第一千一百六十五条主张侵权责任纠纷，要求停止侵害、赔偿损失。
   示例：工厂违规搭建高墙，导致您商铺采光严重不足，可起诉要求拆除高墙并赔偿经营损失。

二、诉讼前的关键步骤

1. 确认土地权属
   需提供土地使用权证、宅基地证等权属证明，证明您对土地的合法使用权。若权属存在争议（如未确权土地），需先通过行政确权程序解决。

2. 固定侵权证据

   • 现场照片、视频：记录违章建筑的位置、结构及对土地使用的影响。
     
   • 评估报告：委托专业机构评估土地价值减损或经营损失（如租金减少、农作物减产）。
     
   • 行政处罚决定：若违章建筑已被城管部门认定为违法并责令拆除，该决定可作为侵权事实的证据。

3. 区分行政与民事途径

   • 行政途径：向城管、规划部门举报，要求强制拆除违章建筑（效率较高，但无法直接主张赔偿）。
     
   • 民事途径：直接起诉侵权人，要求赔偿损失并拆除建筑（可一并解决赔偿问题，但诉讼周期较长）。
     建议：若仅需拆除建筑，可优先选择行政途径；若需赔偿，则需通过民事诉讼解决。

三、诉讼中的注意事项

1. 被告主体资格

   • 若违章建筑为个人搭建，被告为实际侵权人（如邻居、租户）。
     
   • 若为开发商违规建设，被告可能包括开发商、物业公司（若未履行管理职责）。
     提示：需通过房产登记信息、施工合同等证据锁定实际侵权人。

2. 赔偿范围与计算

   • 直接损失：土地占用费（按市场租金计算）、拆除费用、清理费用。
     
   • 间接损失：经营损失（如商铺停业期间的租金损失）、农作物减产损失。
     公式示例：若土地被占用3年，年租金为5万元，则土地占用费=5万元/年×3年=15万元。

3. 执行风险
   即使胜诉，若侵权人拒不拆除或赔偿，需申请法院强制执行。若侵权人无财产可供执行，可能面临执行难问题。
   建议：诉讼前可申请财产保全，冻结侵权人的银行账户或房产，确保判决后能顺利执行。

四、特殊情形处理

1. 历史遗留违章建筑
   若违章建筑建于《城乡规划法》实施前（2008年1月1日前），且未严重影响规划，可能被认定为“历史遗留问题”，法院可能仅支持赔偿而不支持拆除。
   应对策略：强调建筑对土地使用的实际影响（如遮挡、污染），争取拆除判决。

2. 集体土地上的违章建筑
   若土地为集体所有（如宅基地、耕地），需先确认是否经过村委会同意或符合集体规划。若未经同意，可联合村委会共同起诉，增强诉讼主体资格。

总结建议：违章建筑侵犯土地使用权时，您可通过民事诉讼主张权利，但需提前固定证据、确认权属，并根据侵权类型选择合适的诉讼请求（如拆除+赔偿）。若涉及复杂情况（如历史遗留建筑、集体土地），建议携带相关材料与我进一步沟通，制定具体诉讼策略。