结论：
详细解释：
首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条的规定，违法行为在二年内未被发现的，原则上不再给予行政处罚。这一规定体现了法律对于行政处罚时效性的要求，旨在保护当事人的合法权益，避免长期悬而未决的法律纠纷。然而，这并不意味着一旦违法行为超过二年未被发现，就绝对不会再进行任何法律程序。
立案调查的必要性：
确认违法行为：即使违法行为已经超过二年未被发现，但如果行政机关在后续工作中发现了相关线索，为了确认是否存在违法行为以及违法行为的性质、情节等，仍然可能会启动立案调查程序。这是行政机关履行职责、维护公共利益的需要。
特殊情形下的追溯：对于涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的违法行为，或者法律另有特别规定的情形，追溯期限可能延长至五年。在这些情况下，即使违法行为已经超过二年未被发现，但如果在五年内被发现，行政机关仍然有权进行立案调查，并根据调查结果决定是否给予行政处罚。
立案调查与行政处罚的关系：
立案调查是行政机关为了确认是否存在违法行为以及违法行为的性质、情节等而进行的程序。而行政处罚则是行政机关根据调查结果，对违法行为人作出的具体处罚决定。因此，立案调查并不必然导致行政处罚，但它是行政处罚的前提和基础。
举例说明：
假设某商家在2020年1月1日存在欺诈消费者的行为，但该行为在2022年1月1日之前未被市场监管部门查处。按照一般规定，该商家可能不再受到行政处罚。然而，如果市场监管部门在2023年发现了该商家的欺诈行为线索，并启动了立案调查程序，经过调查确认了违法行为的性质和情节，但由于已经超过二年未被发现的期限，且不属于特殊情形，因此市场监管部门可能不会对该商家进行行政处罚。但如果该欺诈行为涉及公民生命健康安全或金融安全，并造成了实际危害后果，或者法律另有特别规定，则市场监管部门仍有可能在五年内对该商家进行行政处罚。
建议：
对于当事人而言，如果面临可能的违法行为指控，无论是否已经超过二年未被发现的期限，都应积极配合行政机关的调查工作，如实陈述事实、提供证据。同时，也可以咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。
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