结论前置：根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，对于两年内未被发现的违法行为，不再给予行政处罚，同时也意味着不再没收违法所得，除非法律、行政法规、部门规章另有规定。

详细解释：

1. 法律依据：

   • 《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条第一款规定：“违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。法律另有规定的除外。”

2. 不予行政处罚与没收违法所得的关系：

   • 没收违法所得通常作为行政处罚的一种手段，与行政处罚本身具有紧密的联系。
   • 既然法律规定了“二年内未被发现的违法行为不再给予行政处罚”，那么在这一时效过后，行政机关不仅不得再对该违法行为进行处罚，同时也不应再没收其违法所得。
   • 这是因为“不予处罚”在逻辑上包含了“不予没收”，除非有特别的法律、行政法规或部门规章规定在特定情况下仍需没收违法所得。

3. 特殊情况：

   • 需要注意的是，虽然一般情况下两年内未发现的违法行为不再给予行政处罚和没收违法所得，但如果法律、行政法规、部门规章有特别规定，如某些特定领域的违法行为即使超过时效仍需没收违法所得，那么这些特别规定应当优先适用。

举例说明：

假设某企业存在违法经营行为，该行为在两年内未被行政机关发现。根据《中华人民共和国行政处罚法》的规定，两年后，行政机关不得再对该企业进行行政处罚，同时也不得再没收其因该违法行为所获得的违法所得，除非有特别的法律、行政法规或部门规章规定需要没收。

建议：

在面对类似问题时，当事人应首先了解相关法律法规的具体规定，并咨询专业律师以获取准确的法律意见。同时，行政机关也应严格遵循法律规定，确保行政处罚的合法性和合理性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。