结论：违法行为在二年内未被发现的，一般不再给予行政处罚，但这并不意味着不需要立案调查。是否立案调查取决于多种因素，包括违法行为的性质、是否涉及特殊期限规定以及是否已有初步证据表明违法行为的存在等。

详细分析：

1. 一般期限规定下的立案调查：

   • 根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条，违法行为在二年内未被发现的，原则上不再给予行政处罚。然而，这并不妨碍行政机关在发现违法行为线索后，依法进行立案调查。立案调查的目的是为了查清事实，确认是否存在违法行为，以及违法行为的性质、情节等。即使最终因超过二年期限而不予行政处罚，立案调查的过程也是必要的，它有助于维护法律的严肃性和公正性。

2. 特殊期限规定下的立案调查：

   • 当违法行为涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果时，追溯期限延长至五年。在这种情况下，即使违法行为在二年内未被发现，但只要在五年内被查处，行政机关依然有权进行立案调查，并依法给予行政处罚。因此，对于这类违法行为，立案调查的重要性更加凸显。

3. 立案调查的必要性：

   • 立案调查是行政机关行使职权、维护公共利益的重要手段。通过立案调查，行政机关可以收集证据、查明事实，为后续的行政处罚或其他法律措施提供依据。即使最终因超过追溯期限而不予行政处罚，立案调查的过程也有助于发现其他潜在的违法行为或线索，从而保护公共利益不受侵害。

4. 立案调查的法律依据与程序：

   • 立案调查的法律依据主要包括《中华人民共和国行政处罚法》以及其他相关法律法规。在立案调查过程中，行政机关应当遵循法定程序，包括收集证据、询问当事人、听取陈述申辩等。这些程序旨在保障当事人的合法权益，确保立案调查的合法性和公正性。

举例说明：

• 假设某商家在2023年1月1日存在欺诈消费者的行为，但该行为在2025年1月1日之前未被市场监管部门查处。虽然根据《行政处罚法》的规定，该商家可能不再受到行政处罚，但如果市场监管部门在2024年12月31日接到了相关举报或发现了初步证据表明该商家存在欺诈行为，那么市场监管部门仍然有权依法进行立案调查，以查清事实并确认是否存在违法行为。

建议：

• 对于行政机关而言，在发现违法行为线索后，应当及时依法进行立案调查，以查清事实并保护公共利益。
• 对于当事人而言，如果面临立案调查，应当积极配合行政机关的工作，提供必要的证据和资料，并依法行使自己的陈述申辩权利。
• 如果你有任何关于立案调查或行政处罚的法律问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见和帮助。