关于行政违法行为超过两年不予处罚是否要立案的问题，结论是：一般情况下，如果行政违法行为确实超过了两年未被发现，通常不再予以处罚，也无需立案；但存在特殊情形时，仍可能立案并处罚。以下从不同角度进行详细分析：
一、一般原则：超过两年不予处罚，通常无需立案
根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条的规定：“违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。法律另有规定的除外。前款规定的期限，从违法行为发生之日起计算；违法行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算。”
时间界限：这一条款明确规定了行政处罚的时效期限，即一般情况下，违法行为在两年内未被发现的，行政机关不再给予行政处罚。这里的“两年”是从违法行为发生之日起计算，如果违法行为有连续或者继续状态的，则从行为终了之日起计算。
无需立案：既然超过两年未被发现的违法行为不再给予行政处罚，那么从行政效率的角度出发，行政机关通常无需对这类案件进行立案处理。因为立案的目的是为了对违法行为进行调查、取证，并最终作出行政处罚决定。如果违法行为已经超过了处罚时效，那么立案就失去了实际意义。
二、特殊情形：超过两年仍可能立案并处罚
尽管有上述一般原则，但也存在一些特殊情形，使得超过两年的行政违法行为仍可能被立案并处罚：
涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果：根据《行政处罚法》第三十六条的规定，涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的违法行为，其处罚时效期限延长至五年。这意味着，在这类案件中，即使违法行为已经超过了两年，但只要在五年内被发现，行政机关仍然可以立案并处罚。
法律另有规定：除了《行政处罚法》的一般规定外，其他法律可能对特定类型的违法行为的处罚时效作出不同规定。例如，某些特定领域的法律可能规定了更长的处罚时效期限，或者对处罚时效的计算方式有特殊规定。在这种情况下，行政机关需要遵循相关法律的规定进行立案和处罚。
违法行为处于连续或继续状态：如果违法行为处于连续或继续状态，那么处罚时效的计算将从行为终了之日起计算。这意味着，即使违法行为已经持续了超过两年，但只要行为尚未终了，行政机关仍然可以立案并处罚。
三、实际操作建议
及时调查取证：对于涉嫌行政违法的案件，行政机关应及时进行调查取证，以确定违法行为是否发生、何时发生以及是否超过处罚时效。这有助于避免因为时效问题而导致的无法处罚的情况。
注意特殊情形：在处理案件时，行政机关应特别注意是否存在涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的特殊情形，以及法律是否另有规定。这些特殊情形可能影响处罚时效的计算和立案的决定。
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综上所述，行政违法行为超过两年未被发现的，通常不再予以处罚，也无需立案；但存在特殊情形时，仍可能立案并处罚。因此，在处理这类案件时，需要仔细分析具体情况，并遵循相关法律的规定进行决策。