结论前置：行政违法行为发现后未处理，两年后是否还能立案，需根据违法行为的性质、危害后果及法律具体规定来判断。一般情况下，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；但涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，该期限延长至五年。

一、一般规定与期限计算

根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条的规定，对于大多数行政违法行为，若其在二年内未被发现，则之后通常不再给予行政处罚。这一“二年”期限的计算起点是违法行为发生之日；若违法行为具有连续或继续状态，则从行为终了之日起计算。例如，若某人在2023年1月1日开始无照经营，且该行为一直持续到2023年6月1日，那么对该违法行为的行政处罚期限将从2023年6月1日起算，若在2025年6月1日前未被发现，则之后不再给予行政处罚。

二、特殊情形的追诉时效延长

存在例外情况，特别是当违法行为涉及公民生命健康安全、金融安全且造成危害后果时，上述的二年期限将延长至五年。这意味着，对于这类严重违法行为，只有在五年内未被发现，行政机关才不能再给予行政处罚。例如，若某人在2023年1月1日开始生产销售不符合食品安全标准的食品，导致消费者出现身体不适，且该行为一直持续到2023年6月1日，那么对该违法行为的行政处罚期限将从2023年6月1日起算，延长至五年后的2028年6月1日。若在此期间内执法部门未发现该违法行为，那么之后将不能再对该违法行为进行行政处罚。

三、其他不予处罚的情形

除了超过追诉时效外，还有以下几种情形也可能导致行政违法行为不予处罚：

1. 轻微违法并及时改正：若违法行为轻微且当事人及时改正，同时没有造成危害后果，行政机关将不予行政处罚。
2. 无主观过错：若当事人有充分证据证明其没有主观过错，也将免于行政处罚，但需注意法律、行政法规另有规定的除外。
3. 特定人群违法：对于不满十四周岁的未成年人以及不能辨认或控制自己行为的精神病人、智力残疾人，其违法行为将不予行政处罚，而是责令监护人进行管教或看管和治疗。

四、建议与注意事项

1. 及时咨询专业律师：由于行政违法行为的处理涉及复杂的法律程序和规定，建议当事人在面临相关问题时及时咨询专业律师，以获取准确的法律意见和帮助。
2. 保留相关证据：若当事人认为自己的行为可能构成行政违法，但尚未被执法部门发现，建议保留相关证据，以便在必要时进行申辩或辩护。
3. 关注法律动态：由于法律和政策可能随时间发生变化，建议当事人关注相关法律动态，以便及时了解自己的权利和义务。

总结：行政违法行为发现后未处理，两年后是否还能立案，需根据具体情况来判断。若违法行为不涉及公民生命健康安全、金融安全且未造成危害后果，且在二年内未被发现，则通常不再给予行政处罚；但若涉及上述特殊情形，则追诉时效可能延长至五年。在任何情况下，建议当事人都及时咨询专业律师，以获取准确的法律意见和帮助。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。