违法行为超过两年是否应当立案，不能一概而论，需根据违法行为的性质、相关法律规定以及具体情形来判断。以下从不同角度进行分析：

一、行政处罚领域

在行政处罚中，确实存在关于违法行为追诉时效的规定。根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条：“违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。法律另有规定的除外。前款规定的期限，从违法行为发生之日起计算；违法行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算。”

1. 一般违法行为：如果违法行为在二年内未被发现，且不属于涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的特殊情形，那么根据法律规定，将不再给予行政处罚，也即通常不会立案。

2. 特殊违法行为：对于涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的违法行为，即使超过二年但未超过五年，如果被发现，仍然可以给予行政处罚，因此可能会立案。

3. 连续或继续状态的违法行为：如果违法行为具有连续或继续状态，那么追诉时效将从行为终了之日起计算。这意味着，即使违法行为开始时间超过二年，但只要行为在二年内仍在继续，就仍然可能被立案处罚。

二、刑事诉讼领域

在刑事诉讼中，关于犯罪的追诉时效有更为详细的规定。根据《中华人民共和国刑法》第八十七条：“犯罪经过下列期限不再追诉：（一）法定最高刑为不满五年有期徒刑的，经过五年；（二）法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，经过十年；（三）法定最高刑为十年以上有期徒刑的，经过十五年；（四）法定最高刑为无期徒刑、死刑的，经过二十年。如果二十年以后认为必须追诉的，须报请最高人民检察院核准。”

1. 一般犯罪：对于大多数犯罪，如果超过相应的追诉时效期限，将不再追诉，也即不会立案。

2. 特殊犯罪：对于某些特别严重的犯罪，如法定最高刑为无期徒刑、死刑的，即使经过二十年，如果认为必须追诉的，仍可以报请最高人民检察院核准后立案。

3. 追诉时效的延长：在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或者在人民法院受理案件以后，逃避侦查或者审判的，不受追诉期限的限制。此外，被害人在追诉期限内提出控告，人民法院、人民检察院、公安机关应当立案而不予立案的，也不受追诉期限的限制。

三、综合建议

1. 了解具体违法行为：首先需要明确违法行为的性质，是行政违法还是刑事犯罪，以便确定适用的法律条款和追诉时效。

2. 咨询专业律师：由于法律问题的复杂性和专业性，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见。律师可以根据具体情况，结合相关法律规定和司法实践，为你提供有针对性的建议。

3. 关注时效问题：无论是行政处罚还是刑事诉讼，时效问题都是非常重要的。如果违法行为已经超过追诉时效，那么即使被发现，也可能无法再给予相应的处罚或追诉。因此，在发现违法行为后，应及时采取行动，以免错过时机。

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