事业单位改制后，对于在建工程一般需根据改制方案、资产处置协议以及相关法律法规的规定来妥善处理，核心在于明确在建工程的权属、价值及后续处理方式，确保改制过程合法合规且不损害各方利益。具体处理方式可从以下几个角度分析：

1. 权属确认与评估

   • 权属梳理：首先需明确在建工程的权属状况，包括土地使用权、建设规划许可、施工许可等是否齐全，以及是否存在权属争议或抵押、查封等权利限制情况。这是后续处理的基础，确保改制后的主体能够合法拥有并处置该在建工程。
   • 资产评估：委托具有资质的评估机构对在建工程进行价值评估，以确定其在改制中的资产价值。评估结果将作为改制资产处置的重要依据，确保资产处置的公平性和合理性。

2. 改制方案中的处理方式

   • 纳入改制范围：若在建工程被认定为改制单位的核心资产或必要组成部分，可将其纳入改制范围，由改制后的新主体继续承建或处置。此时，需在改制方案中明确在建工程的承接方式、资金来源、建设进度安排等关键条款。
   • 剥离处置：若在建工程不属于改制单位的核心业务或存在特殊情况（如政策限制、资金压力等），可考虑将其从改制范围中剥离，通过转让、拍卖等方式进行处置。处置过程中需遵循相关法律法规，确保程序合法、透明，避免国有资产流失。

3. 合同与债权债务处理

   • 合同审查与变更：对在建工程相关的合同（如施工合同、采购合同等）进行全面审查，根据改制需要与合同相对方协商变更合同主体或条款，确保合同继续有效执行或妥善终止。
   • 债权债务承接：明确改制后新主体对在建工程相关债权债务的承接情况，包括应付工程款、预付款项、借款等。确保债权债务的清晰划分，避免改制后产生纠纷。

4. 法律合规与监管要求

   • 遵守法律法规：在整个处理过程中，需严格遵守《企业国有资产法》、《事业单位国有资产管理暂行办法》等相关法律法规，确保改制程序的合法性和资产处置的合规性。
   • 履行审批与备案手续：根据改制性质和资产规模，可能需要向相关部门履行审批或备案手续。需提前了解并准备相关材料，确保改制进程的顺利进行。

5. 后续建设与管理

   • 继续建设安排：若在建工程需继续建设，需明确建设资金来源、建设管理责任主体及建设进度安排等。确保建设过程的规范性和安全性，避免出现烂尾工程。
   • 产权登记与移交：在建工程完工后，需及时办理产权登记手续，并将相关资产移交至改制后的新主体或指定接收方。确保资产权属的清晰和完整。

建议：事业单位改制涉及复杂的法律关系和资产处置问题，特别是在处理在建工程时，需充分考虑各种因素并制定周密的方案。如有具体疑问或需要进一步的法律帮助，可直接向我咨询，我将结合实际情况为你提供详细的法律建议。