针对“建设单位加建后施工单位怎么处理”这一问题，核心在于明确建设单位加建行为的性质及施工单位应采取的合法合规应对措施。以下分情况说明：

1. 若加建行为合法（已取得规划许可等手续）

   • 合同履行角度：施工单位应按建设单位要求继续施工，但需注意：
     
     • 审查加建部分是否超出原施工合同范围。若超出，应与建设单位签订补充协议，明确加建工程的价款、工期、质量标准等条款，避免后续纠纷。
       
     • 若加建部分涉及设计变更，需要求建设单位提供经原设计单位认可的变更图纸，并确保变更内容符合国家强制性标准（如《建设工程质量管理条例》第28条）。
       
   • 合规性角度：施工单位需确保加建部分符合规划、消防、环保等部门的要求，避免因违规施工被行政处罚（如《城乡规划法》第64条规定的“未取得建设工程规划许可证建设”的处罚）。

2. 若加建行为违法（未取得规划许可等手续）

   • 法律风险角度：施工单位可能面临以下风险：
     
     • 行政处罚：若参与违法建设，可能被认定为共同违法行为人，与建设单位共同承担罚款、拆除等责任（如《城乡规划法》第64条）。
       
     • 民事赔偿：若加建部分因质量问题导致他人损害，施工单位可能需承担连带赔偿责任（如《民法典》第1252条）。
       
     • 合同无效风险：若加建部分因违法导致整个合同无效，施工单位可能无法主张工程款（如《民法典》第153条关于“违反法律强制性规定”的合同无效规定）。
       
   • 应对措施：
     
     • 立即停止施工：避免进一步扩大违法后果，并书面通知建设单位停止施工的原因及法律依据。
       
     • 固定证据：保留建设单位要求加建的书面指令、现场照片、沟通记录等证据，证明自身无过错或过错较小。
       
     • 协商解决：与建设单位协商补办手续或调整施工方案，若无法协商，可依据《民法典》第563条解除合同并要求赔偿损失。
       
     • 报告主管部门：若建设单位拒不整改，施工单位可向当地规划、住建等部门举报，避免自身被牵连。

3. 特殊情形：施工单位不知情或被欺骗参与加建

   • 若施工单位能证明自身对加建行为的违法性不知情（如建设单位伪造规划手续），可主张免除或减轻行政责任，但仍需承担民事上的谨慎审查义务（如未核实手续真实性可能被认定存在过错）。
     
   • 建议施工单位在承接工程前，通过规划部门官网或现场核查等方式，核实建设单位是否取得合法手续。

总结建议：施工单位在面对建设单位加建要求时，应首先核实加建行为的合法性，再根据情况采取合同调整、停止施工或举报等措施。若涉及违法建设，务必避免继续施工，否则可能承担法律责任。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。