核心结论：工程已施工但项目负责人有在建项目的情况，需根据具体情形判断是否违规，并采取相应处理措施。以下从不同角度展开说明：

1. 从合规性角度分析
   若项目负责人同时担任多个在建工程的项目负责人，可能违反《注册建造师执业管理办法（试行）》第九条“注册建造师不得同时担任两个及以上建设工程施工项目负责人”的规定（特殊情形除外，如同一工程相邻分段发包或分期施工、合同约定的工程验收合格后、因非承包方原因致使工程项目停工超过120天且经建设单位同意等）。
   处理建议：

   • 立即核查项目负责人是否符合上述例外情形；
     
   • 若不符合，需由建设单位与承包单位协商更换项目负责人，并办理相关变更手续；
     
   • 若已造成违规事实，可能面临行政处罚（如责令改正、罚款）或影响企业资质评定。

2. 从合同履行角度分析
   若施工合同中明确约定项目负责人不得兼任其他工程，或约定了违约责任条款，则承包方可能构成违约。
   处理建议：

   • 审查施工合同条款，评估违约风险；
     
   • 与建设单位协商补充协议，明确责任分担或调整履约计划；
     
   • 若协商无果，需准备证据应对可能的索赔或合同解除风险。

3. 从实际施工管理角度分析
   即使法律或合同未明确禁止，项目负责人同时管理多个工程可能导致管理精力分散，影响工程质量或进度。
   处理建议：

   • 评估项目负责人实际履职能力，必要时增派管理人员；
     
   • 加强现场管理，留存履职记录（如签到表、会议纪要等）；
     
   • 提前与建设单位沟通管理方案，避免后续纠纷。

温馨提示：具体处理需结合项目性质、合同约定及地方性法规综合判断。若有进一步细节（如工程类型、合同条款、兼任原因等），可直接向我咨询，我会为您定制解决方案。