当中标后发现项目经理有在建项目时，这确实是一个需要谨慎处理的问题，因为它可能涉及到违反招标文件规定及法律法规，进而引发一系列严重后果。以下是我为您提供的详细处理建议：
一、法律法规及招标规则层面的考量
明确规定与后果：
- 您需要首先确认招标文件中是否明确规定了项目经理在投标时不得有在建项目。这是基于项目管理需要及市场公平竞争原则的重要条款。
- 若违反此规定，根据《中华人民共和国招标投标法》及相关实施条例，您的公司可能面临中标无效、罚款、甚至限制参与招投标活动等行政处罚。
合同条款的审查：
- 仔细审查中标合同中关于项目经理的任职资格、职责及违约责任等条款。这些条款将为后续处理提供法律依据。
二、招标人的处理措施与应对
调查核实与沟通：
- 招标人可能会详细调查项目经理在建项目的真实性及其对本项目的影响。您应积极配合，提供必要的信息和解释。
- 同时，您也应主动与招标人沟通，就项目经理在建项目情况作出书面解释，并提供合理说明，以减轻可能的负面影响。
后续行动决策：
- 如果在建项目对本项目实施构成重大不利影响，招标人可能会依据招标文件及法律法规取消中标资格，没收投标保证金，并依次确定下一名中标候选人或重新组织招标。对此，您应做好心理准备，并考虑是否提出异议或申诉。
- 如果您能证明在建项目无实质性影响且获得招标人认可，可能允许继续履行合同。但在此情况下，您需采取保障措施，如增加项目管理团队关键人员，以确保项目顺利进行。
三、对项目实施的影响及风险评估
进度与质量风险：
- 项目经理同时负责多个项目可能导致精力分散，增加项目进度拖延和质量事故的风险。您应评估这种风险，并考虑是否需要调整项目计划或增加资源投入。
法律责任：
- 如因项目经理在建项目导致无法按时履行合同或造成质量问题，您的公司可能需承担违约责任及相应法律后果。因此，您应密切关注项目进展，及时采取措施防范风险。
四、应对策略与建议
立即核实与评估：
- 中标后应立即核实项目经理是否存在在建项目，并评估其对本项目的影响。这是制定后续处理策略的基础。
积极沟通与协商：
- 与招标方保持密切沟通，共同探讨解决方案。如更换项目经理、调整项目计划或增加资源投入等。通过协商，寻求双方都能接受的解决方案。
审查合同条款与法律咨询：
- 仔细审查合同条款，明确双方权利义务。如有必要，咨询专业法律顾问或律师，获取具体、专业的建议和指导。这将有助于您更好地应对可能出现的法律问题。
制定应急预案：
- 提前评估可能面临的法律风险，制定相应的应急预案和应对策略。如准备更换项目经理的候选人名单、调整项目计划的备选方案等。这将有助于您在出现问题时迅速应对，减少损失。
综上所述，中标后发现项目经理有在建项目是一个复杂且敏感的问题。您需要保持冷静和理性，严格按照法律法规和招标文件规定处理，同时积极与招标方沟通协商，共同寻求解决方案。以维护自身合法权益和项目的顺利实施。