明确结论：公司员工合同只有一份，而劳动者没有持有，这种情况是违法的。公司应确保劳动者也持有一份劳动合同文本。
法律依据与分析：
法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第十六条：“劳动合同由用人单位与劳动者协商一致，并经用人单位与劳动者在劳动合同文本上签字或者盖章生效。劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。”这一条款明确规定了劳动合同签订后，双方应各自持有一份合同文本，这是为了保障双方的知情权和权益。
法律后果：
- 对用人单位的行政处罚：若用人单位未将劳动合同文本交付给劳动者，即劳动合同只有一份在公司手里，劳动行政部门有权责令用人单位改正。若经责令后仍不改正，劳动行政部门可进一步采取罚款等处罚措施。
- 赔偿责任：若因用人单位未提供劳动合同文本给劳动者，导致劳动者在涉及工资、福利待遇、工作时间、休息休假等方面的争议中无法提供证据而受损，用人单位需承担相应的赔偿责任。
实际影响与指导意义：
- 用人单位应严格遵守法律规定，确保在劳动合同签订后，及时将其中一份交付给劳动者。这不仅是法律义务，也是维护劳动者合法权益和知情权的重要举措。
- 劳动者也应了解自己的权利，若发现用人单位未提供劳动合同文本，应及时向劳动行政部门反映，以维护自己的合法权益。同时，劳动者在签订劳动合同时，也应仔细阅读合同条款，确保自己的权益得到充分保障。
举例说明：
假设小张在某公司工作，签订劳动合同时公司只给了一份合同，且没有给小张留存。后来，小张在申请加班费时，公司否认其加班事实。由于小张没有劳动合同文本作为证据，导致其在争议中处于不利地位。这种情况下，公司就因未提供劳动合同文本给劳动者而可能承担赔偿责任。
总结与建议：
劳动合同是保障劳动者与用人单位双方权益的重要文件。因此，双方都应严格遵守《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，确保劳动合同的合法性和有效性。特别是用人单位，应主动履行法律义务，将劳动合同文本交付给劳动者，以避免可能的法律风险和赔偿责任。如果劳动者遇到公司未提供劳动合同文本的情况，应及时向劳动行政部门反映，并保留好相关证据，以维护自己的合法权益。如果你还有其他关于劳动合同或劳动工伤方面的法律问题，可以直接向我咨询。