公司合同只有公司一份是不合法的。

首先，从劳动合同的角度来看，根据相关规定，劳动合同签订后应一式三份，用人单位和劳动者各执一份，鉴证部门留存一份（因地而异，有的地方可能不需要鉴证部门留存）。这是保障双方合法权益的基本要求，也是体现劳动关系平等性的重要方面。如果公司仅持有一份劳动合同，劳动者在维权时可能面临举证困难，其合法权益难以得到有效保障。

其次，从一般合同的角度来看，虽然合同的法律效力并不取决于其份数，而是基于双方真实意思表示、行为人具有相应的民事行为能力以及内容合法且不违背公序良俗等关键要素。但是，从风险防控和实际操作的角度出发，建议合同双方各持一份合同原件，以便更好地维护各自权益。如果只有一份合同，且该合同由公司单独持有，那么在合同履行过程中或发生争议时，劳动者或其他合同方可能会因为无法及时获取合同条款而处于不利地位。

因此，无论是从劳动合同的特殊规定还是从一般合同的风险防控角度来看，公司合同只有公司一份都是不合适的。建议公司在签订合同时，应确保双方各持一份合同原件，以保障双方的合法权益和便于争议的快速解决。如果你在这方面遇到了问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。