结论前置：劳动合同一式两份都在公司，这种做法通常是违法的，违反了劳动合同应当由用人单位和劳动者各执一份的基本规定。

详细分析：

1. 法律规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第十六条：“劳动合同由用人单位与劳动者协商一致，并经用人单位与劳动者在劳动合同文本上签字或者盖章生效。劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。”这一条款明确规定了劳动合同应当由用人单位和劳动者各持一份，以确保双方都能保留一份有效的合同文本作为权益保障的依据。

2. 违法后果：

   • 如果用人单位将两份劳动合同都保留在公司，而劳动者没有持有自己的合同文本，这可能导致劳动者在权益受到侵害时难以提供有效的证据来维护自己的权益。例如，在发生劳动争议时，劳动者可能因无法提供劳动合同而面临举证困难。
   • 此外，用人单位的这种行为也可能被视为对劳动者权益的不尊重，甚至可能构成对劳动者权益的侵害，从而引发劳动纠纷。

3. 劳动者应对措施：

   • 如果劳动者发现用人单位将两份劳动合同都保留在公司，应当及时向用人单位提出异议，并要求用人单位提供一份劳动合同文本给自己。
   • 如果用人单位拒绝提供，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁等法律途径来维护自己的权益。

4. 用人单位合规建议：

   • 用人单位应当严格遵守《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，确保劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。
   • 在签订劳动合同时，用人单位应当主动向劳动者提供一份合同文本，并确保劳动者在合同上签字或盖章后，自己也留存一份合同文本作为备案。

进一步思考：

• 在实际操作中，有些用人单位可能会以各种理由拒绝向劳动者提供劳动合同文本，如“合同正在审核中”、“合同需要盖章”等。面对这些情况，劳动者应当保持警惕，及时与用人单位沟通并要求提供合同文本。
• 如果劳动者在签订劳动合同时遇到任何疑问或困惑，应当及时咨询专业律师或相关劳动部门，以确保自己的权益得到充分保障。

总结：劳动合同一式两份都在公司是违法的行为，违反了劳动合同应当由用人单位和劳动者各执一份的基本规定。劳动者应当及时向用人单位提出异议并要求提供合同文本，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或困惑，可以直接向我咨询。