在破产程序中，若合同约定了仲裁条款，一般情况下不能直接起诉，而应通过仲裁解决争议。以下是对此问题的详细分析：
仲裁条款的效力
仲裁条款的独立性：根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，仲裁条款具有独立性，即合同中的仲裁条款不因合同的无效、被撤销或者终止而影响其效力。这意味着，即使合同因破产等原因被终止，仲裁条款仍然有效，对双方当事人具有约束力。
仲裁的排他性：仲裁条款通常具有排他性，即双方当事人约定通过仲裁解决争议后，就排除了法院对争议的管辖权。因此，在合同约定了仲裁条款的情况下，一方当事人不能直接向法院起诉，而应按照仲裁条款的约定，向约定的仲裁机构申请仲裁。
破产程序中的特殊规定
破产管理人的选择权：在破产程序中，破产管理人负责管理债务人的财产和事务。虽然合同约定了仲裁条款，但破产管理人在处理债务人合同事务时，仍需考虑破产法的相关规定。然而，这并不意味着破产管理人可以随意改变合同约定的争议解决方式。在大多数情况下，破产管理人应尊重合同中的仲裁条款，并按照其约定进行仲裁。
法院对仲裁的监督与支持：虽然仲裁具有排他性，但法院在仲裁过程中仍扮演着重要的监督与支持角色。例如，法院可以依法对仲裁协议的效力进行认定，对仲裁程序的合法性进行监督，以及在仲裁裁决作出后，根据当事人的申请进行执行或撤销等。但这并不改变仲裁作为争议解决方式的优先性。
可能的例外情况
仲裁条款无效或不可执行：如果仲裁条款存在无效或不可执行的情形（如仲裁机构不存在、仲裁条款表述不清等），则当事人可以向法院起诉。但这种情况较为少见，且需要具体的法律分析和判断。
破产法与仲裁法的冲突解决：在极少数情况下，破产法与仲裁法之间可能存在冲突或模糊地带。此时，需要法院或仲裁机构根据具体案件情况，结合相关法律规定和立法精神，进行综合判断和裁决。但这种情况同样较为罕见，且通常需要高级别的司法或仲裁机构进行裁决。
法律建议
尊重仲裁条款：在合同约定了仲裁条款的情况下，双方当事人应尊重并遵守该条款的约定，通过仲裁解决争议。这有助于维护合同的稳定性和可预测性，降低争议解决成本。
及时咨询专业律师：如果双方对仲裁条款的效力或执行存在争议，或者遇到其他复杂的法律问题，建议及时咨询专业律师。律师可以根据具体案件情况，提供专业的法律意见和解决方案。
关注破产程序进展：在破产程序中，破产管理人的行为可能对合同争议的解决产生影响。因此，当事人应密切关注破产程序的进展，及时与破产管理人沟通协商，确保自身权益得到保障。
综上所述，在破产程序中，若合同约定了仲裁条款，一般情况下不能直接起诉，而应通过仲裁解决争议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。