结论：工伤包工头垫付的药费，最终是否由公司承担，需根据具体情况判断，若公司已缴纳工伤保险，包工头垫付的费用可向工伤保险基金报销或由公司承担后续支付责任；若公司未缴纳工伤保险，则公司需直接承担垫付费用。以下从不同角度详细分析：
一、公司已缴纳工伤保险的情况
工伤保险基金支付原则：
- 根据《工伤保险条例》，公司若已依法为职工缴纳工伤保险，职工因工伤产生的医疗费用（符合工伤保险诊疗项目目录、药品目录及住院服务标准的），应由工伤保险基金支付。
- 实际操作中，职工在签订服务协议的医疗机构就医后，医疗费用通常由医疗机构与社保经办机构直接结算，无需职工或公司先行垫付。
包工头垫付费用的处理：
- 若包工头（作为公司代表或实际施工负责人）在紧急情况下先行垫付了医疗费用，后续可按照工伤保险报销流程，向社保经办机构申请报销。
- 若公司未及时申报工伤或未配合报销流程，导致包工头垫付的费用无法及时报销，包工头有权要求公司承担相应责任，因为公司有义务确保工伤职工得到及时救治并协助完成报销手续。
未及时申报工伤的后果：
- 若公司未在规定时间内（一般为事故伤害发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起30日内）提出工伤认定申请，此期间发生的符合规定的工伤待遇费用，由公司负担。这意味着，若包工头在此期间垫付了费用，公司需承担报销责任。
二、公司未缴纳工伤保险的情况
公司承担全部费用：
- 若公司未依法为职工缴纳工伤保险费，根据《工伤保险条例》的相关规定，所有符合规定的工伤医疗费用（包括治疗费、伙食补助费及外地就医的交通、食宿费等）均由公司承担。
- 在此情况下，若包工头垫付了医疗费用，公司需直接向包工头支付相应费用，因为公司是工伤赔偿的最终责任主体。
工伤保险基金的先行支付与追偿：
- 若公司未缴纳工伤保险且拒绝支付工伤医疗费用，工伤保险基金可以先行支付医疗费用，但随后有权向公司追偿。这意味着，包工头垫付的费用最终仍可能由公司承担，只是通过工伤保险基金作为中介进行支付和追偿。
三、特殊情况：第三人侵权导致工伤
侵权第三人责任：
- 当工伤是由第三人侵权导致时（如职工在上班途中因交通事故受伤且对方负主要责任），侵权第三人应当承担赔偿责任，包括垫付医药费。
- 若包工头垫付了费用，且侵权第三人已被确定并有能力支付，包工头有权向侵权第三人追偿。
补充责任：
- 如果第三人不支付工伤医疗费用或者无法确定第三人的，由工伤保险基金先行支付。工伤保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。
- 若公司未缴纳工伤保险费，则在第三人不支付的情况下，由公司先行垫付相关费用。这意味着，包工头垫付的费用最终可能由公司承担（若第三人无法支付或无法确定）。
四、建议与总结
及时申报工伤：
- 公司应在规定时间内为工伤职工申报工伤认定，以确保工伤医疗费用能够由工伤保险基金支付，减轻公司负担。
保留垫付凭证：
- 若包工头垫付了医疗费用，应妥善保留相关医疗费用票据等证据，以便后续通过法律途径要求公司或工伤保险基金承担相应费用。
依法维权：
- 若公司未履行垫付责任或拒绝支付工伤医疗费用，工伤职工或其近亲属可通过向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等法律途径维护自身权益。
总结：工伤包工头垫付的药费是否由公司承担，需根据公司是否缴纳工伤保险、工伤是否由第三人侵权导致以及具体治疗情况等因素综合判断。在实际操作中，建议受伤职工及其家属及时咨询专业律师（即我本人），以获取最准确和权威的法律意见和帮助。