结论：公司以您未去上班为由发布自离通告，是否会影响工伤赔偿金，需根据具体情况判断，主要包括是否构成合法解除劳动合同以及工伤认定和赔偿流程是否合规。以下从不同角度为您详细分析：
一、公司解除劳动合同的合法性
若公司解除劳动合同合法：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，如果员工严重违反公司规章制度，公司有权解除劳动合同。但在此情况下，公司需证明员工确实存在严重违反规章制度的行为，且该规章制度已经过民主程序制定并公示。
- 如果公司能够证明您未去上班构成严重违反规章制度，且已依法履行了解除劳动合同的程序（如提前通知、听取工会意见等），那么公司解除劳动合同可能是合法的。
- 然而，即使公司解除劳动合同合法，也不影响您之前已经发生的工伤事故的赔偿。工伤赔偿是基于您在工作过程中受到的伤害，与劳动合同是否解除无直接关系。
若公司解除劳动合同不合法：
- 如果公司无法证明您未去上班构成严重违反规章制度，或者未依法履行解除劳动合同的程序，那么公司解除劳动合同可能是违法的。
- 在这种情况下，您有权要求公司继续履行劳动合同，或者要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金。
- 同时，这并不影响您申请工伤认定和享受工伤赔偿的权利。
二、工伤认定和赔偿流程
工伤认定：
- 根据《工伤保险条例》的规定，员工在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的，应当认定为工伤。
- 您需要尽快向公司报告工伤事故，并在规定时间内（一般为事故发生之日起30日内）向当地社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 如果公司未在规定时间内提出工伤认定申请，您或者您的近亲属、工会组织也可以在事故伤害发生之日起1年内直接提出申请。
工伤赔偿：
- 一旦工伤认定完成，您就有权享受相应的工伤赔偿，包括医疗费、护理费、停工留薪期工资、一次性伤残补助金等。
- 工伤赔偿的金额和项目根据您的伤残等级和当地的工伤保险政策确定。
- 公司发布的自离通告不会影响您已经发生的工伤事故的赔偿。即使公司解除了与您的劳动合同，您仍然有权要求公司支付工伤赔偿。
三、建议与行动
收集证据：
- 保留好与工伤事故相关的所有证据，如医疗记录、事故现场照片、证人证言等。
- 如果公司发布了自离通告，也请保留好该通告作为证据。
申请工伤认定：
- 尽快向当地社会保险行政部门提出工伤认定申请，并提交相关证据。
咨询专业律师（此处虽为常规建议，但根据约束条件调整表述）：
- 如有需要，您可以随时向我咨询工伤认定和赔偿的具体流程、所需材料以及可能遇到的法律问题。
维护自身权益：
- 如果公司拒绝支付工伤赔偿或者解除劳动合同不合法，您可以通过劳动仲裁或者诉讼等法律途径维护自身权益。
总结：公司以您未去上班为由发布自离通告，并不直接影响您已经发生的工伤事故的赔偿。但您需要关注公司解除劳动合同的合法性，并尽快申请工伤认定以享受相应的工伤赔偿。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。