交通事故自行协商后，只要符合特定条件，职工依然有权申请工伤认定，并享受相应的工伤保险待遇。以下从多个角度为你详细分析：
工伤认定的关键条件
根据《工伤保险条例》的规定，职工在上下班途中受到非本人主要责任的交通事故伤害时，应当认定为工伤。这里有两个关键要素：
- 上下班途中：指的是职工在合理时间内往返于工作单位和居住地之间的合理路线。例如，你平时上下班都是走同一条路线，某天因为修路绕行了另一条路线，结果发生了交通事故，只要这条绕行路线是合理的，就仍然属于“上下班途中”。
- 非本人主要责任：这通常需要通过交通事故责任认定书来确定。如果交通事故责任认定书认定你在事故中承担主要责任或全部责任，那么就不符合工伤认定的条件。但如果认定你承担次要责任、同等责任或无责任，那么就符合工伤认定的条件。即使交通事故已经通过双方协商处理，只要责任认定符合上述要求，你仍有权申请工伤认定。
申请工伤认定的具体流程
申请时间：
- 用人单位应在事故伤害发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。特殊情况可经社会保险行政部门同意适当延长。
- 若用人单位未按时申请，工伤职工或其近亲属、工会组织可在事故伤害发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起1年内直接提出申请。
申请材料：
- 包括《工伤认定申请表》、劳动关系证明材料（如劳动合同、工资记录等）、医疗机构出具的受伤诊断证明，以及交通事故责任认定书或双方协商的协议书、证人证言等能证明事故经过和责任的材料。
认定决定：
- 社会保险行政部门将在受理申请之日起60日内作出工伤认定决定，出具《认定工伤决定书》或《不予认定工伤决定书》。对于事实清楚、权利义务明确的申请，可在15日内作出决定。
工伤待遇与交通事故赔偿的关系
工伤待遇与交通事故赔偿在某些项目上可以同时获得，但并非所有项目都能重复赔偿。例如，医疗费等重复项目通常不能重复获得赔偿。然而，除了这些重复项目外，工伤待遇和交通事故赔偿是可以兼得的。如果交通事故赔偿低于工伤赔偿标准，用人单位或工伤保险基金需补足差额部分。
特别需要注意的是，虽然工伤和交通事故竞合时可以索要双倍赔偿，但并非所有赔偿项目都能双重获取。例如，交通事故中的误工费需要由用人单位出具误工损失证明才能由肇事者赔偿，而在工伤事故中，用人单位应支付治疗期间的工资，因此不会造成误工损失。
实际案例说明
假设你在下班途中被一辆汽车撞伤，交通事故责任认定书认定你承担次要责任。你与肇事司机协商后，对方赔偿了你部分医疗费和误工费。但你的伤势较重，还需要长期治疗和康复。在这种情况下，你仍然有权向社会保险行政部门申请工伤认定。如果认定成功，你将享受工伤保险待遇，包括医疗费、康复费、护理费、一次性伤残补助金等。如果交通事故赔偿的医疗费低于工伤保险待遇中的医疗费标准，工伤保险基金将补足差额部分。
建议
- 及时申请工伤认定：不要因为已经与肇事司机协商解决就忽略了工伤认定的申请。工伤认定是享受工伤保险待遇的前提条件。
- 保留好相关证据：包括交通事故责任认定书、双方协商的协议书、医疗机构出具的受伤诊断证明等。这些证据将有助于你申请工伤认定和享受工伤保险待遇。
- 咨询专业律师：如果你对工伤认定流程或工伤保险待遇有疑问，可以随时向我咨询。我将根据你的具体情况为你提供专业的法律建议。
希望以上分析能对你有所帮助。如果你还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我提问。