结论：员工借支备用金未冲抵，公司一般不能直接起诉员工“公司”（此处假设实际想问的是能否起诉员工个人），但可以依据内部财务制度和相关法律规定，通过合法途径追讨未冲抵的备用金。具体分析如下：
一、备用金的性质与法律关系
备用金通常是企业为了满足日常经营需要，预先拨付给员工用于特定用途（如差旅费、采购等）的款项。员工在使用备用金后，应当按照公司规定及时冲抵或报销，并归还多余款项。这种关系本质上是一种借贷关系或委托付款关系，受《中华人民共和国民法典》中关于借款合同或委托合同的相关规定调整。
二、公司能否起诉员工
若员工未按规定冲抵备用金且未归还：
- 公司可以依据内部财务制度和相关法律规定，要求员工归还未冲抵的备用金。
- 如果员工拒绝归还，公司可以通过民事诉讼途径，向法院提起诉讼，要求员工承担还款责任。此时，公司作为原告，员工作为被告，诉讼标的为未冲抵的备用金金额。
关于“起诉公司”的误解：
- 题目中提到的“起诉公司”可能是一个表述上的误解。实际上，是公司想要追讨员工未冲抵的备用金，因此应该是公司起诉员工，而不是员工起诉公司。
- 如果员工认为公司在备用金管理、冲抵或报销过程中存在违法行为或不当行为，员工可以依法维护自己的合法权益，但这与公司追讨未冲抵备用金是两个不同的法律关系。
三、公司追讨备用金的合法途径
内部处理：
- 公司应首先依据内部财务制度，与员工进行沟通协商，要求员工说明未冲抵备用金的原因，并尽快办理冲抵或报销手续。
- 如果员工无正当理由拒绝冲抵或报销，公司可以按照内部规定对员工进行相应的处理，如扣发工资、奖金等（但需注意遵守《中华人民共和国劳动法》等相关法律规定）。
法律途径：
- 如果内部处理无效，公司可以向法院提起民事诉讼，要求员工归还未冲抵的备用金。
- 在诉讼过程中，公司需要提供充分的证据证明员工借支了备用金且未按规定冲抵或报销，如备用金申请单、报销单、银行转账记录等。
四、建议与注意事项
完善内部财务制度：
- 公司应建立健全备用金管理制度，明确备用金的申请、审批、使用、冲抵和报销等流程，确保备用金管理的规范化和透明化。
加强员工培训与教育：
- 公司应定期对员工进行财务知识和法律法规的培训，提高员工的财务意识和法律意识，避免因不了解规定而导致的不必要纠纷。
及时沟通与协商：
- 在发现员工未冲抵备用金时，公司应及时与员工进行沟通协商，了解原因并寻求解决方案，避免矛盾升级和纠纷扩大。
依法维权：
- 如果员工拒绝归还未冲抵的备用金，公司应依法通过法律途径维护自己的合法权益，避免采取非法手段或过激行为。
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