针对您提出的“公司经理退休被查怎么处理”的问题，这通常涉及到退休公职人员或党员领导干部在退休后的从业行为及违纪违法行为的处理。以下是我根据相关法规和政策，为您提供的详细解答：
一、退休公职人员或党员领导干部的从业行为规范
“三年两不准”原则：
- 党政领导干部辞去公职或退（离）休后三年内，不得到本人原任职务管辖的地区和业务范围内的企业兼职任职，也不得从事与原任职务管辖业务相关的营利性活动。
- 对于其他公务员，辞去公职后两年内，也不得接受与原工作业务直接相关的企业、中介机构或其他营利性组织的聘任，个人不得从事与原工作业务直接相关的营利性活动。
兼职任职的限制：
- 经批准在企业兼职的党政领导干部，不得在企业领取薪酬、奖金、津贴等报酬，不得获取股权和其他额外利益。
- 兼职不得超过1个，所兼任职务实行任期制的，任期届满拟连任必须重新审批或备案，连任不超过两届。
- 兼职的任职年龄界限为70周岁。
“两头占”的禁止：
- 党政领导干部不得既保留公务员身份及相关待遇，又在企业领取报酬。
二、退休公职人员或党员领导干部违纪违法行为的处理
立案程序的启动：
- 对于退休前或退休后有违纪违法行为的，如退休公职人员为中共党员，由于纪律审查没有追究时效限制，可以进行党纪立案。
- 如非中共党员，监察机关可以立案调查，并不因其退休而不能管辖。
立案主体的确定：
- 公职人员不因退休而改变原干部管理权限，对其立案应根据办理退休手续时的干部管理权限确定立案主体。
- 如因党组织关系转移导致与干部管理权限相分离的问题，需根据具体情况协商确定立案主体。
处分的执行与待遇调整：
- 对于严重违纪违法的退休公职人员，需要调整其退休待遇。这可以通过在党纪处分决定文书中直接表述待遇调整事项、单独作出《关于调整××退休待遇的决定》或书面通知同级党委组织部门和所在单位按程序予以落实等方式进行。
- 党纪处分决定的制发范围需根据被处分人的党组织关系归属情况确定。
特殊主体的处分执行程序：
- 如受处分人系民主党派或无党派人士，处分决定需同时函告本级党委统战部，由党委统战部向相关民主党派通报情况。
被采取强制措施或受行政、刑事处罚的待遇调整：
- 退休公务员被采取强制措施期间，停发退休费待遇，按本人原基本退休费75%计发生活费。
- 受行政、刑事处罚的，根据具体情况调整其退休待遇。
三、具体处理建议
核实情况：
- 首先需要核实公司经理退休后的具体从业行为，是否违反了相关法规和政策。
启动调查程序：
- 如发现违纪违法行为，应根据其身份（中共党员或非中共党员）和干部管理权限，启动相应的调查程序。
依法依规处理：
- 根据调查结果，依法依规给予相应的党纪或政务处分，并调整其退休待遇（如需要）。
加强监督与管理：
- 加强对退休公职人员或党员领导干部的从业行为监督与管理，防止类似问题的再次发生。
综上所述，公司经理退休被查的处理需要依据相关法规和政策进行，确保处理过程的合法性和公正性。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询相关部门或专业人士。