结论：单位因自身原因导致工伤无法认定，并扣发员工三年工资奖金的，员工有权要求单位返还被扣发的工资奖金，并可能获得相应的赔偿。
法律背景与详细分析：
工伤认定的责任：
- 根据《工伤保险条例》及相关规定，用人单位有义务在员工发生工伤后及时为其申请工伤认定。如果单位未能在规定时间内提出工伤认定申请，导致员工无法享受工伤保险待遇的，单位应承担相应的责任。
工资奖金的扣发问题：
- 工资奖金是员工因提供劳动而应得的报酬，单位无权因非员工过错的原因（如工伤无法认定）而扣发。如果单位扣发了员工的工资奖金，这构成了对员工劳动权益的侵犯。
员工的权利与救济途径：
- 要求返还：员工有权要求单位返还被扣发的工资奖金。这可以通过与单位协商、向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁等方式实现。
- 赔偿损失：如果单位的行为给员工造成了其他损失（如因无法享受工伤保险待遇而产生的医疗费用等），员工还可以要求单位赔偿这些损失。
具体操作建议：
- 收集证据：员工应收集与工伤发生、单位未申请工伤认定、工资奖金扣发等相关的证据，如医疗记录、工资单、单位通知等。
- 协商与投诉：首先尝试与单位协商解决，如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，要求其介入调查并处理。
- 劳动仲裁：如果投诉仍未解决问题，员工可以向劳动仲裁委员会提起劳动仲裁，要求单位返还被扣发的工资奖金并赔偿损失。
可能的法律后果：
- 如果单位被认定存在违法行为，除了需要返还被扣发的工资奖金和赔偿损失外，还可能面临劳动监察部门的处罚，如罚款、责令改正等。
举例说明：
假设员工小张在工作中受伤，但单位未能在规定时间内为其申请工伤认定。随后，单位以工伤无法认定为由扣发了小张三年的工资奖金。小张可以通过收集医疗记录、工资单等证据，向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求单位返还被扣发的工资奖金并赔偿因此产生的其他损失。
进一步思考：
在处理此类纠纷时，员工应充分了解自己的权益和救济途径，并积极收集证据以支持自己的主张。同时，单位也应加强内部管理，确保在员工发生工伤后及时为其申请工伤认定，避免因此产生不必要的法律纠纷。
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