结论：当所有证据都在公司时，处理方式需根据具体情况而定，但核心原则在于合法、合规地收集、保存并可能地运用这些证据。以下是从不同角度给出的详细分析和建议。
一、证据的合法收集与保存
内部调查与取证：
- 若证据涉及公司内部事务，如员工违规、合同纠纷等，公司应首先进行内部调查，确保取证过程合法合规，不侵犯员工隐私或其他合法权益。
- 调查过程中，应详细记录取证时间、地点、方式、参与人员等信息，并尽可能让相关人员签字确认，以确保证据的合法性和有效性。
证据保存：
- 证据应妥善保存，防止丢失、损坏或被篡改。对于电子证据，如电子邮件、聊天记录等，应进行备份，并考虑使用专业的电子数据取证工具进行固定。
- 纸质证据应存放在安全、干燥的地方，避免受潮、虫蛀等影响。
二、证据的运用
内部处理：
- 若证据用于公司内部处理，如员工纪律处分、合同纠纷解决等，公司应根据内部规章制度和相关法律法规，合理运用证据，确保处理结果的公正性和合法性。
- 在处理过程中，应充分听取相关人员的陈述和申辩，保障其合法权益。
外部诉讼或仲裁：
- 若证据需用于外部诉讼或仲裁，公司应咨询专业律师，了解证据的可采性、证明力等问题，并按照法律程序提交证据。
- 在诉讼或仲裁过程中，公司应积极配合法院或仲裁机构的工作，提供必要的证据和协助。
三、特殊情况下的处理
证据涉及商业秘密或个人隐私：
- 若证据涉及公司商业秘密或员工个人隐私，公司在收集、保存和运用证据时，应严格遵守相关法律法规，防止泄露。
- 在必要时，公司可以申请法院或仲裁机构采取保密措施，保护证据的安全。
证据被对方掌握或可能被销毁：
- 若公司担心证据被对方掌握或可能被销毁，可以及时向法院或仲裁机构申请证据保全，确保证据的完整性和安全性。
- 在申请证据保全时，公司应提供充分的证据证明证据可能灭失或以后难以取得，并说明保全的必要性。
四、法律建议
- 定期审查与更新证据管理制度：公司应定期审查其证据管理制度，确保其符合最新法律法规的要求，并根据实际情况进行更新和完善。
- 加强员工培训：公司应加强对员工的法律培训，提高员工的法律意识和证据意识，确保员工在日常工作中能够合法、合规地收集和保存证据。
- 寻求专业法律支持：在处理复杂或涉及重大利益的证据问题时，公司应及时寻求专业律师的支持和协助，确保公司的合法权益得到有效维护。
五、可能的法律后果
- 若公司未能合法、合规地收集、保存或运用证据，可能导致证据无效或被排除，从而影响公司的诉讼或仲裁结果。
- 若公司泄露商业秘密或个人隐私，可能面临法律责任和声誉损失。
综上所述，当所有证据都在公司时，公司应合法、合规地收集、保存并可能地运用这些证据，同时加强内部管理、员工培训和寻求专业法律支持，以确保公司的合法权益得到有效维护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。