在市场监督管理行政处罚案件中，当事人违法所得已经退回的，仍可能面临没收，具体需分情况讨论：

1. 违法所得的性质与法律规定
   根据《行政处罚法》第二十八条，行政机关实施行政处罚时，应当责令当事人改正或限期改正违法行为，且当事人有违法所得的，除依法应当退赔的外，应当予以没收。这里的“没收”是行政处罚的法定种类之一，与“退赔”是并行关系，而非替代关系。即使违法所得已退回受害人或相关方，行政机关仍可能依法没收违法所得，以剥夺当事人因违法行为获得的利益，起到惩戒作用。

2. “退回”与“没收”的适用场景

   • 若违法所得已退赔给受害人：例如，当事人通过欺诈手段获得消费者款项，后主动退赔全部款项。此时，行政机关仍可能对违法所得进行没收，因为退赔是民事责任范畴，而没收是行政处罚，二者目的不同（退赔补偿损失，没收剥夺非法利益）。
     
   • 若违法所得无法退赔或未退赔：例如，当事人通过虚假宣传获得收入，但无法联系受害人或受害人拒绝接受退赔。此时，行政机关会直接没收违法所得，并可能处以罚款等其他处罚。
     
   • 特殊情形：若法律、法规明确规定“退赔后不再没收”（如某些特定领域的单行法），则可能例外。但市场监管领域常见法规（如《反不正当竞争法》《价格法》）通常未作此例外规定，因此仍需没收。

3. 实务中的处理原则
   行政机关在处罚时会综合考量违法情节、社会危害性、当事人主观过错等因素。即使违法所得已退回，若违法行为性质恶劣（如涉及食品安全、药品安全等重大公共利益），行政机关仍可能依法没收违法所得，并从重处罚；若违法行为轻微且及时纠正，可能酌情减轻或不予没收，但需符合《行政处罚法》第三十二条、第三十三条规定的“从轻、减轻或不予处罚”情形。

建议：若您或您的企业涉及此类案件，需结合具体违法行为、退赔情况及当地执法实践，进一步分析行政机关的处罚依据和合理性。如有疑问，可直接向我咨询，我会结合案件细节提供专业意见。