结论：违法所得在民事案件中已退赔，行政处罚上是否还需要没收，需根据具体情况判断，一般情况下仍需没收，但存在例外情形。以下从不同角度进行分析：
一、法律原则与规定
行政处罚的独立性：
- 行政处罚与民事赔偿是两种独立的法律责任形式。行政处罚是行政机关对违法行为人作出的制裁，旨在维护公共利益和社会秩序；而民事赔偿则是违法行为人因侵犯他人权益而承担的赔偿责任，旨在补偿受害人的损失。
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》等相关法律法规，行政机关在查处违法行为时，有权依法没收违法所得，这一权力并不因违法所得已在民事案件中退赔而丧失。
没收违法所得的法定性：
- 没收违法所得是行政处罚的一种常见形式，其目的在于剥夺违法行为人因违法行为所获得的利益，防止其从违法行为中获利。
- 只要违法行为人的行为构成违法，且存在违法所得，行政机关就有权依法予以没收，无论该违法所得是否已在民事案件中退赔。
二、例外情形与考虑因素
避免重复处罚：
- 在某些特殊情况下，如果民事赔偿已经充分补偿了受害人的损失，且行政处罚的没收违法所得将导致违法行为人承担过重的责任，行政机关可能会考虑不没收或部分没收违法所得。
- 但这种情况并非普遍适用，而是需要行政机关根据具体案情进行裁量。
法律衔接与协调：
- 在处理涉及民事赔偿和行政处罚的案件时，行政机关和司法机关应加强沟通与协调，确保法律责任的承担既不过重也不遗漏。
- 如果民事赔偿已经涵盖了违法所得的部分或全部，行政机关在作出行政处罚时可以考虑这一因素，但并非必须因此免除没收违法所得的责任。
三、实际操作与建议
违法行为人应主动配合：
- 如果违法行为人已经在民事案件中退赔了违法所得，应在行政处罚程序中主动向行政机关说明情况，并提供相关证据。
- 这有助于行政机关全面了解案情，作出公正合理的行政处罚决定。
行政机关应依法裁量：
- 行政机关在作出行政处罚决定时，应依法考虑违法行为人的退赔情况，但不应因此免除其没收违法所得的责任，除非存在法律规定的例外情形。
- 行政机关应确保行政处罚的合法性和合理性，维护公共利益和社会秩序。
进一步思考：在实际操作中，违法行为人可能面临民事赔偿和行政处罚的双重责任。为了避免不必要的法律纠纷和损失，违法行为人应在违法行为发生后及时咨询专业律师，了解自己的法律责任和应对策略。同时，行政机关也应加强与司法机关的沟通与协调，确保法律责任的承担既公正又合理。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况，给出专业的法律意见。