核心结论：在此种情况下，司机有权通过合法途径追讨运费，但需根据具体事实和证据情况，选择合适的维权方式。

具体分析：

• 合同关系角度：
  • 若司机与对方之间存在明确的运输合同关系，合同中规定了运费支付方式、货物交付要求等条款。对方以少一件货为由拒付运费，司机首先应查看合同中关于货物数量验收和运费支付条件的约定。如果合同约定货物交付时当场验收，且验收合格后支付运费，而对方在验收时未提出少货异议并接收了货物，之后又以少货为由拒付运费，那么对方的行为可能构成违约。司机可以依据合同约定，要求对方支付运费，并可通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决纠纷。
  • 若合同约定货物数量以实际交付为准，且在运输过程中因不可抗力、货物自然损耗等原因导致货物数量减少，司机不承担责任的情况下，对方仍拒付运费，司机同样有权依据合同要求对方支付运费。
• 证据角度：
  • 司机需要收集能够证明自己已按照合同约定完成运输任务的证据，如运输单据、货物签收单、与对方的沟通记录等。如果司机能够提供充分的证据证明货物在运输前数量是完整的，且在运输过程中没有过错导致货物减少，那么对方以少货为由拒付运费的理由就不成立。例如，司机可以在装货时对货物进行拍照、录像，记录货物的数量和状态；在运输过程中妥善保管货物，避免货物丢失或损坏；在卸货时要求对方当场验收并签收货物签收单，注明货物的数量和状态。
• 货物缺失责任角度：
  • 如果货物确实是在运输过程中因司机的过错导致缺失，如司机疏忽大意导致货物被盗、丢失或损坏，那么司机可能需要承担一定的赔偿责任。但赔偿责任与运费支付是两个不同的法律关系，对方不能因为货物缺失而完全拒付运费。在这种情况下，司机可以与对方协商，在承担相应赔偿责任后，要求对方支付剩余运费。如果双方无法协商一致，司机可以通过法律途径解决纠纷，法院会根据具体情况判决司机应承担的赔偿责任和对方应支付的运费。

建议：

• 司机应先与对方进行友好协商，尝试通过沟通解决问题，明确货物缺失的原因和责任，以及运费的支付问题。在协商过程中，司机要注意保留好相关的沟通记录，如聊天记录、通话录音等。
• 如果协商无果，司机可以寻求第三方调解机构的帮助，如运输行业协会、消费者协会等，通过调解的方式解决纠纷。
• 若调解也无法解决问题，司机可以根据合同中的仲裁条款或双方达成的仲裁协议，向仲裁机构申请仲裁。仲裁具有专业性、高效性等特点，能够较快地解决纠纷。
• 如果没有仲裁条款或仲裁协议，司机可以向有管辖权的人民法院提起诉讼，通过司法途径维护自己的合法权益。在诉讼过程中，司机要按照法院的要求提供相关证据，积极配合法院的审理工作。