当员工病假结束后不能从事工作时，关于如何补偿的问题，这主要取决于具体的法律法规以及员工与用人单位之间的合同约定。以下是一个详细且深入的解答：
一、法律依据与基本原则
首先，我们需要明确的是，员工在病假期间以及病假结束后的权益，主要受到《中华人民共和国劳动合同法》和《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》等法律法规的保护。这些法规规定了用人单位在特定情况下可以解除劳动合同的情形，以及相应的经济补偿标准。
二、医疗期内的补偿情况
违法解除合同的补偿：
- 如果用人单位在员工的医疗期内擅自解除劳动合同，这属于违法行为。员工有权要求用人单位继续履行合同，或者选择获得赔偿金。赔偿金的标准是经济补偿标准的二倍。
经济补偿金的计算：
- 经济补偿金按劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这里的月工资是指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
三、医疗期满后的补偿情况
不能从事原工作及另行安排的工作：
- 如果员工医疗期满后仍不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，用人单位可以提前三十日以书面形式通知员工本人，或者额外支付员工一个月工资后，解除劳动合同。
- 在此情况下，用人单位需按上述经济补偿金的标准向员工支付经济补偿。同时，如果用人单位未提前三十日书面通知，还需额外支付一个月工资的代通知金。
劳动能力鉴定与医疗补助费：
- 如果经劳动能力鉴定委员会确认，员工确实不能从事原工作、也不能从事用人单位另行安排的工作而解除劳动合同的，除了支付经济补偿金外，还可能涉及医疗补助费的支付。
- 医疗补助费的标准可能因地区而异，一般按照当地规定执行。例如，某些地区规定医疗补助费不低于六个月工资；对患重病和绝症的还应增加医疗补助费，患重病的增加部分不低于医疗补助费的百分之五十，患绝症的增加部分不低于医疗补助费的百分之百。
四、特殊情形下的补偿调整
协商一致解除合同：
- 如果用人单位与员工协商一致解除合同，补偿金额可以由双方自行约定，但不得低于法定最低标准。
用人单位违法违规操作：
- 如果用人单位存在未依法缴纳社保、未及时足额支付劳动报酬等违法行为，员工可以主张更高额度的赔偿。
五、实际操作建议
了解自身权益：
- 员工应充分了解自己的权益，包括医疗期的期限、经济补偿金的计算方式等。
与用人单位沟通：
- 在病假结束后，员工应与用人单位积极沟通，了解用人单位的安排和意图，以便做出合理的决策。
寻求法律援助：
- 如果员工与用人单位在补偿问题上存在争议，可以寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自己的合法权益。
综上所述，当员工病假结束后不能从事工作时，补偿问题需根据具体情况和相关法律法规来确定。员工应了解自己的权益，与用人单位积极沟通，并在必要时寻求法律援助。