加班费扣税是合法的，且用人单位应依法支付加班费并代扣代缴相应的个人所得税。以下是对这一问题的详细解释：
一、加班费属于应税所得
根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例的规定，工资、薪金所得应纳个人所得税。这里的“工资、薪金所得”包括个人因任职或受雇而取得的各类薪酬，如工资、奖金、津贴、补贴等，以及与任职或受雇有关的其他所得。加班费作为劳动者因延长工作时间而获得的劳动报酬，明确属于“工资、薪金所得”的范畴，因此应当计入个人工资总额，并在达到纳税标准后依法缴纳个人所得税。
二、加班费的税收计算方式
应纳税所得额的计算：
- 加班费并入当月工资后，先扣除五险一金等专项扣除费用。
- 再减除5000元的基本减除费用（即个税起征点）。
- 余额即为应纳税所得额。
税率与速算扣除数的应用：
- 根据应纳税所得额的大小，按照个人所得税税率表确定适用的税率和速算扣除数。
- 计算应纳税额时，使用公式“应纳税额 = 应纳税所得额 × 税率 - 速算扣除数”。
三、加班费的支付标准与税务处理
加班费的支付标准：
- 工作日加班：公司需至少支付员工一点五倍的工资作为加班费。
- 休息日加班且不能安排补休：公司需至少支付两倍的工资作为加班费。
- 法定节假日加班：公司需至少支付三倍的工资作为加班费。
税务处理：
- 无论哪种类型的加班费，均不属于国家统一规定的免税项目，必须依法缴纳个人所得税。
- 用人单位在支付加班费时，有义务代扣代缴相应的个人所得税，这是履行法定的代扣代缴义务。
四、劳动者的权益保障与维权途径
权益保障：
- 劳动者有权要求用人单位按照法定标准支付加班费，并依法代扣代缴个人所得税。
- 如果用人单位未按照法定标准支付加班费或未依法代扣代缴个人所得税，劳动者有权向当地的劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁。
维权途径：
- 在投诉或仲裁过程中，劳动者可以要求用人单位支付欠付的加班费以及相应的赔偿金。
- 劳动者还可以咨询专业律师（如我，杨旭静律师，专注于劳动纠纷领域），以获取更具体的法律建议和维权指导。
五、实际操作中的注意事项
单位责任：
- 用人单位应确保按时足额支付加班费，并依法履行代扣代缴个人所得税的义务。
- 单位应定期检查薪资与税务处理的合规性，以避免潜在的税务风险。
员工权益：
- 员工在收到工资及加班费时，应注意查看税后的实际收入，并确保单位已正确代扣代缴了个人所得税。
- 如果员工对薪资或税务处理有疑问，应及时向单位或专业律师咨询。
总结：加班费扣税是基于国家税收法律和个人所得税法的明确规定，是合法且合理的。同时，用人单位也应严格遵守相关法律法规，确保按时足额支付加班费并依法代扣代缴个人所得税，切实保障劳动者的合法权益。劳动者在遇到加班费支付或税务处理问题时，应积极通过法律途径维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。