针对您提出的“员工起诉社保后，个人承担部分怎么办”的问题，这确实是一个涉及劳动者权益保障的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，用人单位有义务为劳动者缴纳社会保险费用，这包括用人单位应承担的部分和劳动者个人应承担的部分。在正常情况下，劳动者个人应承担的社会保险费用是由用人单位代扣代缴的。

然而，在实际操作中，可能会出现用人单位未按时足额为劳动者缴纳社会保险费用，或者漏缴、断缴等情形。在这种情况下，如果劳动者已经自行垫付了本应由用人单位承担的社会保险费用，那么劳动者是有权要求用人单位进行赔偿的。这一点在多个法院的判决案例中都有所体现，如钟某与山东某物业公司的案例，法院就判决物业公司赔偿了钟某自行垫付的社保费用。

接下来，针对您关心的“个人承担部分怎么办”的问题，这主要取决于具体情况：

1. 如果用人单位已经代扣了个人应承担部分但未缴纳：

   • 劳动者有权要求用人单位尽快补缴这部分费用，并可能要求用人单位承担因未及时缴纳而产生的滞纳金或罚款等额外费用。
   • 如果用人单位拒绝补缴或无法补缴，劳动者可以向社会保险费征收机构投诉，由社会保险费征收机构责令用人单位限期缴纳或者补足，并可能对用人单位进行处罚。

2. 如果劳动者已经自行缴纳了个人应承担部分，且用人单位未缴纳其应承担部分：

   • 如前所述，劳动者有权要求用人单位赔偿其自行垫付的用人单位应承担部分。
   • 对于劳动者个人已经缴纳的部分，如果用人单位在后续补缴了其应承担的部分，且社会保险费征收机构允许，劳动者可以申请退还个人多缴纳的部分（但这种情况较为少见，因为通常个人和用人单位的缴纳是分开计算的）。

3. 如果劳动关系已经解除，但用人单位仍为劳动者缴纳了社会保险费用（包括个人应承担部分）：

   • 对于劳动关系存续期间用人单位代缴的个人应承担部分，如果劳动者在离职时存在欠付工资等情况，用人单位可以从欠付工资中扣除这部分费用。
   • 对于劳动关系解除后用人单位仍为劳动者缴纳的社会保险费用，这通常不属于劳动争议受理范围。用人单位应当向社会保险费征收机构申请办理退费。如果社会保险费征收机构不予办理退费，用人单位可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。

综上所述，员工在起诉社保后，个人承担部分的处理方式主要取决于具体情况和用人单位的行为。如果用人单位未履行其法定义务，劳动者有权通过法律途径维护自己的合法权益。同时，我也建议劳动者在遇到类似问题时，及时咨询专业律师或相关机构，以获取更具体、更专业的法律建议。