结论：要判断周六周天加班费公司按54元的200%计算加班费得108元是否合法，需要先明确54元是正常工作日的工资标准还是已经考虑了某些因素后的基数，同时要结合当地的最低工资标准以及劳动合同或公司规章制度中的相关规定来综合判断。以下为详细分析：

一、加班费计算基数的一般规定

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，加班费的计算基数通常应为劳动者正常工作时间的工资标准。这个工资标准一般指的是劳动合同中约定的工资，或者如果劳动合同没有约定，则按照集体合同约定的工资标准确定；如果集体合同也没有约定，则按照劳动者正常工作时间的实际工资收入确定，但不得低于当地的最低工资标准。

二、周末加班费的计算方式

对于周末（即休息日）的加班，如果公司不能安排补休，那么应当支付不低于工资200%的加班费。这里的“工资”指的就是上述的加班费计算基数。

三、具体案例分析

1. 如果54元是正常工作日的工资标准：

   • 那么周末的加班费就应该是54元乘以200%，即108元。这种情况下，公司的做法是合法的。

2. 如果54元并非正常工作日的工资标准：

   • 例如，54元可能是已经考虑了某些补贴或奖金后的日工资，而加班费的计算基数应该是更基础的工资标准（如基本工资）。
   • 或者，如果54元低于当地的最低工资标准，那么加班费的计算基数也应至少为最低工资标准。
   • 在这些情况下，公司仅按54元的200%计算加班费可能是不合法的，因为加班费的计算基数可能被低估了。

四、建议与行动

• 核实工资标准：首先，你需要核实你的正常工作时间的工资标准是多少，以及这个标准是否被正确地用作了加班费的计算基数。
• 对比最低工资标准：其次，你需要对比当地的最低工资标准，确保你的加班费计算基数不低于这个标准。
• 与公司沟通：如果你认为公司的加班费计算方式存在问题，你可以与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，明确你的权益和公司的计算方式。
• 寻求法律援助：如果沟通无果，你可以考虑寻求法律援助或咨询专业律师（即向我咨询），以了解你的具体权益和可能的法律途径。

五、计算公式（假设54元为正常工作日工资标准）

周末加班费计算公式为：\(加班费 = 正常工作日工资标准 \times 200\%\)

将54元代入公式得：\(加班费 = 54元 \times 200\% = 108元\)

但请务必注意，这个计算是基于54元是正常工作日工资标准的假设。如果实际情况并非如此，那么加班费的计算可能需要调整。

综上所述，要判断公司的做法是否合法，需要综合考虑多个因素。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。