结论：每周超过44小时但工资中包含加班费的情况是否合法，需结合具体的工作安排、工时制度以及加班费的支付情况来判断。若符合法定标准且加班费支付合法，则可能合法；若存在超时工作且未依法支付加班费，则属于违法行为。

详细分析：

1. 标准工时制度下的工作时间与加班费支付

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。这是标准工时制度的基本规定。
   • 若用人单位安排劳动者每周工作44小时，且每日工作时间不超过八小时，同时保证了适当的休息和休假，且加班费支付符合法律规定，那么这种工作安排是合法的。
   • 加班费支付方面，根据《劳动法》第四十四条，安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。若用人单位未依法支付加班费，则构成违法行为。

2. 超时工作与加班费支付的合法性判断

   • 若用人单位安排劳动者每周工作超过44小时（但需注意，这里的44小时是标准工时制度下的上限，实际中若每日工作超过8小时，即使周总时数未超44小时，也可能构成超时工作），且未依法支付加班费，则属于违法行为。
   • 劳动者有权要求用人单位按照法律规定支付加班费，若用人单位拒绝支付，劳动者可以通过向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等方式来维护自身合法权益。

3. 特殊工时制度的考虑

   • 除了标准工时制度外，还存在综合计算工时工作制和不定时工作制等特殊的工时安排。这些特殊工时制度需要经过劳动行政部门的审批，并且必须确保劳动者的休息权益得到充分保障。
   • 在综合计算工时工作制下，若劳动者在综合计算周期内的工作时间超过法定标准工作时间，且未依法支付加班费，同样构成违法行为。
   • 在不定时工作制下，劳动者的工作时间不受标准工作时间的限制，但用人单位仍需确保劳动者的休息权益，并依法支付加班费（若存在加班情况）。

建议与行动：

• 劳动者：若发现自己的工作时间或加班费支付存在问题，应首先与用人单位沟通，要求依法支付加班费或调整工作时间。若沟通无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自身合法权益。
• 用人单位：应严格遵守劳动法律法规，合理安排劳动者的工作时间，并依法支付加班费。避免超时工作且未支付加班费的情况发生，以维护劳动者的合法权益和企业的良好形象。

法律后果：

• 若用人单位存在超时工作且未依法支付加班费的行为，将面临劳动监察部门的处罚，包括责令改正、罚款等。同时，劳动者也有权要求用人单位支付拖欠的加班费及相应的经济补偿。

综上所述，每周超过44小时但工资中包含加班费的情况是否合法，需结合具体的工作安排、工时制度以及加班费的支付情况来判断。若您在此方面存在疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。