结论前置：员工因请独生子女护理假导致加班费减少1000元以上是否合理，需结合具体情况判断，若公司因员工请假而减少其加班机会，且该减少与请假行为直接相关，同时符合公司规章制度及法律法规，则可能是合理的；但若公司无正当理由减少加班费，则可能不合理。以下从多个角度进行分析：
一、加班费的计算与发放原则
加班费是员工因超出正常工作时间工作而应获得的额外报酬。其计算通常基于员工的正常工资水平、加班时长以及适用的加班费率（如平时加班1.5倍、周末加班2倍、法定节假日加班3倍等）。公司应按照法律法规及公司规章制度的规定，准确计算并按时发放加班费。
二、独生子女护理假与加班费的关系
请假与加班机会：员工请独生子女护理假，意味着其在请假期间无法参与工作，包括加班。因此，从直接角度来看，请假确实可能导致员工在该期间的加班机会减少，进而影响加班费的获得。
公司规章制度：公司可能在其规章制度中规定了加班费的发放条件、计算方式以及请假对加班费的影响等。如果公司规章制度明确规定，因请假（包括独生子女护理假）导致的加班机会减少，公司有权相应减少加班费，且该规定不违反法律法规的强制性规定，则公司的做法可能是合理的。
法律法规的考量：虽然独生子女护理假是员工依法享有的权利，但法律法规并未直接规定该假期对加班费的具体影响。因此，在判断公司减少加班费是否合理时，需结合公司规章制度以及加班费的计算与发放原则进行综合考量。
三、不合理减少加班费的情形
无正当理由减少：如果公司无正当理由（如非因员工请假导致加班机会减少、公司规章制度未规定请假影响加班费等）而减少员工的加班费，则可能构成违法行为。员工有权要求公司按照法律法规及公司规章制度的规定，足额支付加班费。
违反法律法规：如果公司减少加班费的行为违反了法律法规的强制性规定（如低于最低工资标准、未按照法定加班费率计算等），则该行为肯定是不合理的。员工可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。
四、建议与措施
核查公司规章制度：员工应首先核查公司的规章制度，了解请假对加班费的具体影响。如果公司规章制度中有明确规定，且该规定不违反法律法规的强制性规定，则员工需接受该规定。
与公司沟通协商：如果员工认为公司减少加班费的行为不合理，可以与公司进行沟通协商，要求公司说明减少加班费的理由，并寻求合理的解决方案。
寻求法律援助：如果沟通协商无果，员工可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，寻求法律援助。在投诉或仲裁过程中，员工需提供相关证据（如工资条、加班记录、请假单等）来支持自己的主张。
总结来说，员工因请独生子女护理假导致加班费减少1000元以上是否合理，需结合具体情况判断。如果公司因员工请假而减少其加班机会，且该减少与请假行为直接相关，同时符合公司规章制度及法律法规，则可能是合理的；但若公司无正当理由减少加班费，则可能不合理。员工在遇到此类问题时，应首先核查公司规章制度，与公司沟通协商，并在必要时寻求法律援助。