业主指定开具农民工工资保函，在符合相关法律法规和合同约定的情况下，是合法的。以下从不同角度为你详细分析：
合法性依据
法律法规层面：
- 根据《保障农民工工资支付条例》等相关法律法规，为了保障农民工工资的按时足额支付，鼓励采用工程担保等方式来确保工资支付。农民工工资保函作为一种工程担保方式，其目的正是为了保障农民工的合法权益，防止因工程款拖欠等原因导致农民工工资无法按时支付。
- 只要保函的开具符合法律法规的规定，比如保函的格式、内容、有效期等符合相关要求，且保函的出具机构（如银行、保险公司等）具有相应的资质和信誉，那么该保函就是合法有效的。
合同约定层面：
- 如果业主与承包商在施工合同中明确约定了需要开具农民工工资保函，并且约定了保函的具体要求（如保函金额、开具机构、有效期等），那么承包商就有义务按照合同约定开具保函。
- 在这种情况下，业主指定开具保函是合同约定的行为，只要合同本身合法有效，且保函的开具符合合同约定，那么该行为就是合法的。
注意事项
保函的真实性和有效性：
- 业主在指定开具保函时，应确保保函的真实性和有效性。这包括核实保函的出具机构是否具有相应资质、保函的内容是否符合法律法规和合同约定、保函的金额是否足够覆盖农民工工资等。
- 如果保函存在虚假或无效的情况，业主可能面临无法保障农民工工资支付的风险，甚至可能承担相应的法律责任。
承包商的权益保护：
- 虽然业主有权指定开具保函，但承包商也有权要求业主提供合理的保函条件和要求。如果业主提出的保函条件过于苛刻或不合理，承包商可以与业主进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 同时，承包商在开具保函时，也应确保自己的权益不受损害。比如，可以选择信誉良好的出具机构、合理设定保函的有效期和金额等。
法律纠纷的预防和处理：
- 在开具和使用保函的过程中，双方应尽可能明确各自的权利和义务，以预防潜在的法律纠纷。
- 如果发生法律纠纷，双方应首先通过协商和调解等方式解决。如果协商和调解无果，可以寻求法律途径解决，比如向法院提起诉讼或申请仲裁等。
建议：在实际操作中，业主和承包商应充分了解相关法律法规和合同约定，确保保函的开具和使用合法合规。如果遇到任何疑问或问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见和帮助。