上级拨款的事业单位按照企业方式发放工资，这一做法是否合法，需分情况讨论：
若事业单位有明确的工资制度规定，且该制度符合相关法律法规：
- 事业单位通常有其特定的工资制度和福利标准，这些制度往往受到《事业单位人事管理条例》等相关法律法规的规范。如果上级拨款的事业单位在内部有明确的工资制度，并且该制度严格遵循了国家关于事业单位工资福利的相关规定，那么即使其发放工资的方式在某些方面与企业相似（如采用绩效工资、奖金等激励机制），只要不违反事业单位工资制度的总体框架和原则，这种做法是可以被视为合法的。
若事业单位未遵循自身工资制度或相关法律法规，擅自按照企业方式发放工资：
- 如果事业单位没有明确的工资制度，或者其工资制度违反了国家关于事业单位工资福利的相关规定，而擅自按照企业方式发放工资，比如随意调整工资结构、降低基本工资比例、提高绩效工资比例且缺乏合理依据等，这种做法就可能构成违法。因为事业单位作为公共机构，其工资福利的发放应当受到严格的监管和规范，以确保公平、公正和透明。
进一步的分析与建议：
- 核查工资制度：首先，需要核查该事业单位是否有明确的工资制度，并且该制度是否经过了相关部门的批准或备案。
- 对比法律法规：其次，要将该工资制度与国家关于事业单位工资福利的相关法律法规进行对比，看是否存在冲突或违反之处。
- 考虑员工权益：同时，还需要考虑这种工资发放方式是否损害了员工的合法权益，比如是否降低了员工的基本生活保障、是否违反了最低工资标准等。
- 寻求法律途径：如果员工认为事业单位的工资发放方式违法或不合理，可以通过内部申诉、劳动仲裁或法律诉讼等途径来维护自己的权益。
可能的法律后果：
- 如果事业单位的工资发放方式被认定为违法，可能会面临相关部门的处罚，比如责令改正、罚款等。
- 同时，员工也有权要求事业单位补发工资差额、支付经济补偿等。
总结与建议：
上级拨款的事业单位按照企业方式发放工资是否合法，取决于其是否有明确的工资制度且该制度是否符合相关法律法规。如果事业单位在工资发放方面存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师或相关劳动部门，以确保工资发放的合法性和合理性。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。