农民工在学校里做工，老板跑路，你们可以采取以下措施来维护自身权益：

1. 收集证据：

   • 尽可能收集与工作相关的所有证据，包括但不限于劳动合同（如有）、工作证、工资条、考勤记录、工作照片或视频、与老板的沟通记录（如短信、微信聊天记录）等。
   • 这些证据将有助于证明你们与老板之间的劳动关系以及老板拖欠工资的事实。

2. 向学校反映情况：

   • 学校作为用工场所的提供者，可能对老板有一定的了解或联系方式。
   • 向学校相关部门（如后勤部门、保卫部门或校办）反映情况，请求学校协助联系老板或提供相关信息。

3. 向劳动监察部门投诉：

   • 前往当地劳动监察大队或通过其官方网站、电话等渠道进行投诉。
   • 提交收集到的证据，详细陈述老板拖欠工资的情况，并请求劳动监察部门介入调查并追讨工资。

4. 申请劳动仲裁：

   • 如果劳动监察部门未能有效解决问题，你们可以向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。
   • 提交仲裁申请书及证据材料，仲裁委员会将依法进行审理并作出裁决。

5. 提起诉讼：

   • 如果对劳动仲裁结果不满意，或者老板拒不执行仲裁裁决，你们可以向人民法院提起诉讼。
   • 准备充分的证据材料，按照法院的要求提交起诉状，并积极参与诉讼过程。

6. 寻求法律援助：

   • 如果经济条件困难，无法承担律师费用，你们可以向当地法律援助中心申请法律援助。
   • 法律援助中心将指派律师为你们提供免费的法律咨询和代理服务。

在处理此类问题时，还需注意以下几点：

• 保持冷静和理性：不要采取过激行为，如围堵学校、破坏公物等，这可能会触犯法律并加重自身责任。
• 及时行动：老板跑路后，时间越久，追讨工资的难度可能越大。因此，应尽快采取上述措施来维护自身权益。
• 团结协作：如果有多名农民工遇到同样的问题，可以团结起来共同行动，这样更能引起相关部门的重视并提高解决问题的效率。