对于未备案的非标准工时制，法院一般会根据具体情况，从认定合同效力、审查实际履行情况、考量劳动者权益保护等角度进行处理。具体分析如下：

1. 认定合同或条款效力：非标准工时制（如综合计算工时制和不定时工作制）需要经过劳动行政部门的审批备案。如果用人单位未依法进行备案而直接在劳动合同中约定非标准工时制，该条款可能因违反法律强制性规定而被认定为无效。不过，如果用人单位能够证明虽然未备案，但实际工作安排符合非标准工时制的特点，且没有损害劳动者的合法权益，法院也可能不会仅因未备案而直接否定相关约定的效力。
2. 审查实际履行情况：法院会重点审查用人单位和劳动者实际履行劳动合同的情况。如果用人单位实际上按照非标准工时制安排劳动者工作，劳动者也一直按照此种安排提供劳动，且没有提出异议，法院可能会结合实际情况，认可这种实际的工作模式。但如果劳动者能够证明用人单位的非标准工时制安排对其造成了损害，如过度加班、休息权得不到保障等，法院可能会支持劳动者的诉求，要求用人单位承担相应的法律责任。
3. 考量劳动者权益保护：在处理此类案件时，法院会始终将保护劳动者的合法权益放在重要位置。如果未备案的非标准工时制导致劳动者的工资、加班费、休息休假等权益受到侵害，法院会依法判决用人单位支付相应的经济补偿、加班费等。例如，如果用人单位实行不定时工作制未备案，但按照标准工时制计算加班费，法院可能会根据实际情况，判决用人单位按照不定时工作制的规定重新计算并支付加班费。
4. 参考行业惯例和地方规定：不同行业、不同地区对于非标准工时制的管理和实施可能存在一定的差异。法院在审理案件时，可能会参考当地的行业惯例和相关地方性法规、规章的规定。如果当地对于未备案的非标准工时制有特定的处理方式或指导意见，法院会在判决中予以考虑。

建议：用人单位应严格按照法律规定，对非标准工时制进行审批备案，确保劳动合同和相关制度的合法性。劳动者如果发现用人单位未备案而实行非标准工时制，且损害了自己的合法权益，应及时收集证据，通过合法途径维护自己的权益。如果你有具体的案件情况或进一步的问题，欢迎随时向我咨询。