结论：在工厂职工因身体原因死亡，公司给予丧葬费并在协议中说明与公司无瓜葛的情况下，这样的协议表述需要极为谨慎，且可能因具体情况而涉及不同的法律效果和风险。以下是从多个角度对此问题的详细分析：

1. 协议的法律性质与效力：

   • 协议内容合法性：协议中“与公司无瓜葛”的表述，若意图免除公司因职工死亡而可能承担的所有法律责任，包括但不限于工伤赔偿、雇主责任等，则可能因违反法律法规的强制性规定而无效。根据《中华人民共和国劳动法》及相关工伤保险条例，职工因工作原因或在工作过程中发生的事故导致死亡，公司应承担相应的赔偿责任。
   • 协议双方意思表示：协议必须基于双方真实、自愿的意思表示。若职工家属在签署协议时存在误解、被欺诈或胁迫等情况，该协议可能因意思表示不真实而被撤销或认定无效。

2. 丧葬费的性质与支付：

   • 丧葬费的来源：丧葬费通常是公司基于人道主义考虑或按照内部规章制度给予职工家属的慰问金，其性质并非法律上的赔偿金。因此，公司支付丧葬费并不当然免除其可能因职工死亡而应承担的其他法律责任。
   • 协议中的明确约定：若公司希望在支付丧葬费的同时，明确与职工死亡事件的其他法律责任划清界限，应在协议中详细、明确地列出免责条款，并确保这些条款不违反法律法规的强制性规定。同时，应建议职工家属在签署前咨询专业律师，以确保其权益不受侵害。

3. 可能涉及的法律风险与后果：

   • 工伤认定与赔偿：若职工死亡被认定为工伤，公司需按照工伤保险条例的规定支付相应的工伤赔偿金。若协议中“与公司无瓜葛”的表述被认定为免除公司工伤赔偿责任的条款，则该条款可能因违法而无效，公司仍需承担赔偿责任。
   • 民事诉讼风险：若职工家属认为协议存在欺诈、胁迫或显失公平等情形，可能向法院提起诉讼要求撤销或变更协议。此外，若公司未按照法律法规的规定支付工伤赔偿金或其他应付款项，职工家属也可能通过法律途径追究公司的法律责任。

4. 建议与操作指南：

   • 谨慎表述协议内容：公司在拟定协议时，应避免使用过于绝对或模糊的表述，如“与公司无瓜葛”。相反，应明确列出公司支付丧葬费的具体金额、支付方式及支付时间等条款，并详细说明该费用不构成对公司可能承担的其他法律责任的承认或放弃。
   • 咨询专业律师：在签署协议前，建议公司及职工家属均咨询专业律师，以确保协议内容合法、有效且符合双方的真实意愿。律师可以协助双方审查协议条款、提供法律意见并参与谈判过程。
   • 保留相关证据：公司应妥善保留与职工死亡事件相关的所有证据材料，包括但不限于医疗记录、事故报告、证人证言等。这些证据材料在后续可能发生的法律纠纷中可能起到关键作用。

总结：在处理工厂职工因身体原因死亡并涉及丧葬费支付及协议签署的问题时，公司应谨慎行事并咨询专业律师的意见。协议内容应合法、明确且符合双方的真实意愿，以避免可能发生的法律风险和后果。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。