当公司被起诉涉及农民工工资发放问题时，工资的发放需遵循以下原则和步骤：
依法优先支付农民工工资：
- 根据《保障农民工工资支付条例》及相关法律法规，农民工工资应当得到优先保障。即使公司面临诉讼或其他财务困境，也应确保农民工工资的按时足额支付。
- 公司应设立专门的农民工工资账户，确保工资发放的专款专用，避免与其他资金混同。
核实工资数额与支付情况：
- 在被起诉前或诉讼过程中，公司应仔细核实每位农民工的工资数额、已支付金额及未支付金额，确保数据的准确性。
- 保留好工资支付记录、考勤记录等相关证据，以备在诉讼中证明工资支付情况。
与农民工或其代表协商：
- 如果公司确实面临资金困难，无法立即支付全部工资，应主动与农民工或其代表进行协商，寻求达成支付协议。
- 协商内容可以包括分期支付、延期支付等，但应确保协议内容合法、合理，并明确支付时间和方式。
遵守法院判决或调解协议：
- 如果公司被起诉后，法院作出了判决或双方达成了调解协议，公司应严格遵守判决或协议内容，按时足额支付农民工工资。
- 拒不执行法院判决或调解协议的，公司可能面临法律制裁，包括但不限于罚款、拘留等。
寻求法律援助或咨询：
- 如果公司在处理农民工工资发放问题时遇到法律难题或不确定如何操作，应及时寻求法律援助或咨询专业律师。
- 律师可以提供专业的法律意见，帮助公司合法合规地处理工资发放问题，降低法律风险。
特殊情况下的处理建议：
如果公司确实无力支付全部工资：
- 公司应尽快向当地劳动保障部门报告情况，并申请协助处理。
- 劳动保障部门可能会介入调解，帮助公司与农民工达成支付协议，或者提供其他形式的援助。
如果农民工对公司提起集体诉讼：
- 公司应积极应对诉讼，配合法院的调查和审理工作。
- 同时，公司也可以考虑与农民工进行和解或调解，以尽快解决纠纷，减少对公司运营的影响。
法律后果提示：
- 拒不支付农民工工资或违反相关法律法规的，公司可能面临行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任。
- 因此，公司应高度重视农民工工资发放问题，确保合法合规操作，避免不必要的法律风险。
总结与建议：
公司被起诉涉及农民工工资发放问题时，应依法优先支付工资、核实支付情况、与农民工协商、遵守法院判决或调解协议，并在必要时寻求法律援助或咨询。同时，公司也应加强内部管理，确保工资发放的合法性和合规性，降低法律风险。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。