当农民工在维护自身合法权益（如索要工资）的过程中，反而被公司起诉时，这确实是一个复杂且具挑战性的情况。但请放心，只要依法行事、积极应对，您完全有能力维护自己的合法权益。以下是一份详细的法律应对指南，希望能对您有所帮助。

一、明确自身权益与法律责任

首先，您需要明确自己作为劳动者的基本权益。根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十条，用人单位有义务按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。因此，您有权要求公司按时支付工资，这是法律赋予您的基本权益。同时，您也需要了解公司起诉的具体内容、法律依据以及要求您承担的责任，以便有针对性地准备辩护。

二、全面收集并整理证据

证据是维护您权益的关键。您应收集所有能证明劳动关系存在以及应得工资数额的材料，如劳动合同、工资条、考勤记录、工作证、银行转账记录等。此外，针对公司的起诉理由，您还需收集相关反驳证据。例如，若公司声称因您操作失误导致损失，您应寻找设备质量问题报告、上级指挥不当的记录等证据来反驳。

三、寻求专业法律援助

面对法律诉讼，专业法律援助至关重要。如果您因经济困难无力承担律师费用，可以向当地法律援助机构申请法律援助，获得免费的专业法律服务。律师会帮助您分析案情、制定辩护策略，并在法庭上代表您进行辩护，确保您的合法权益得到充分保护。

四、积极应诉与庭审准备

收到法院送达的诉讼文书后，您应按照法院规定的期限，针对公司起诉状中的内容提交答辩状，清晰阐述自己的观点和事实依据，对公司的诉求进行有力回应和反驳。同时，务必按照法院通知的开庭时间准时到庭，遵守法庭纪律，在法官的引导下合理陈述事实、展示证据、进行辩论。

五、依法申请仲裁或提起诉讼

如果劳动争议无法通过协商解决，您可以根据《中华人民共和国劳动法》第七十九条，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付拖欠的工资。若对仲裁结果不满意，您还可以在拿到仲裁书后15天之内向人民法院提起诉讼，通过法律途径进一步维护自己的合法权益。

六、寻求外部支持与帮助

除了法律途径外，您还可以寻求外部支持与帮助。例如，向所在单位的工会组织反映情况，工会有义务维护职工的合法权益，可能会出面与公司进行沟通协调。同时，也可以向劳动监察部门、人力资源和社会保障部门等反映情况，这些部门可以对案件情况进行调查了解，并给予相应的指导和帮助。

七、保持冷静与理性

在整个过程中，保持冷静和理性至关重要。避免采取过激行为，以免对案件处理产生不利影响。密切关注案件进展，及时配合律师或法律援助机构的工作，共同推动问题的解决。

综上所述，面对公司起诉时，您应明确自身权益与法律责任，全面收集证据，寻求专业法律援助，积极应诉并依法申请仲裁或提起诉讼。同时，寻求外部支持与帮助，并保持冷静与理性，以确保自己的合法权益得到有效维护。