结论：招标代理公司是否会付农民工工资，需根据具体情况判断，一般情况下，若招标代理公司并非直接用工单位，则不直接承担支付农民工工资的责任；但若存在特殊情况，如招标代理公司直接雇佣农民工或存在违法分包、转包等情形，则可能需要承担相应责任。以下为详细分析：

一、一般情况下招标代理公司的责任

在大多数情况下，招标代理公司的主要职责是协助招标人进行招标活动，包括编制招标文件、组织开标、评标等，并不直接参与项目的施工或用工管理。因此，若招标代理公司并非直接用工单位，即未与农民工签订劳动合同或形成事实劳动关系，则不直接承担支付农民工工资的责任。农民工的工资支付责任应由与其形成劳动关系的用人单位（如施工单位、分包单位等）承担。

二、特殊情况下招标代理公司的责任

1. 直接雇佣农民工：若招标代理公司在招标过程中或项目实施阶段直接雇佣了农民工进行工作，并与其签订了劳动合同或形成了事实劳动关系，则招标代理公司作为用人单位，需承担支付农民工工资的责任。

2. 违法分包、转包：若招标代理公司在招标过程中存在违法分包、转包等行为，导致农民工的工资被拖欠，且该行为与招标代理公司的违法行为存在直接关联，那么招标代理公司可能需要承担相应的法律责任，包括支付农民工工资等。但这种情况下的责任承担需根据具体法律法规和司法实践来判断。

三、法律建议

1. 农民工角度：若农民工遭遇工资拖欠问题，首先应明确与自己形成劳动关系的用人单位是谁，并向该单位主张工资支付。若用人单位拒不支付，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

2. 招标代理公司角度：招标代理公司应严格遵守相关法律法规，避免违法分包、转包等行为，确保项目的合法合规进行。同时，若招标代理公司直接雇佣了农民工，应按时足额支付其工资，避免引发劳动纠纷。

四、可能的法律后果

若招标代理公司存在违法分包、转包等行为，并因此导致农民工工资被拖欠，可能面临行政处罚、民事赔偿等法律后果。同时，若招标代理公司直接雇佣农民工却拒不支付工资，还可能构成拒不支付劳动报酬罪，需承担刑事责任。

五、进一步行动建议

若您或您身边的农民工朋友遭遇了工资拖欠问题，且不确定责任主体或维权途径，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。